Мария родилась 27 мая 1967 года в Москве в знаменитой семье советского писателя, сценариста, кинорежиссера, актера Василия Шукшина и актрисы Лидии Федосеевой-Шукшиной. Через два года у Марии появилась сестра, с которой они впоследствии не сладили. По признанию Марии, они росли слишком разными – Маша стеснительная, скромная, а младшая Ольга – активная, взрывная, эмоциональная.
Папа-режиссер начал снимать дочку Машу с двух лет. Дебют Марии в кино состоялся в полтора годика – в его фильме «Странные люди» (1969). В 7 лет Мария появилась в ленте Сергея Никоненко «Птицы над городом» (1974). В том же году девочка пережила трагедию – умер отец. Впоследствии девочек воспитывал отчим – кинооператор Михаил Агранович. После смерти папы Мария очень сблизилась с мамой и прислушивалась к ее советам. Лидия Федосеева-Шукшина отговаривала дочь от тягостной актерской профессии. Поэтому после школы Мария решила не становиться актрисой и поступила на факультет переводчиков Института иностранных языков им. Мориса Тореза. «Мама часто говорила: “Если повезет, выйдешь замуж за режиссера – он будет тебя снимать. А если нет – будешь безработной, будешь болтаться в подвешенном состоянии”. Поэтому я и решила выбрать более стабильную профессию». Шукшина работала секретарем-переводчиком, затем брокером на бирже. «Но зов предков оказался сильней», – признается она. В 23 года Мария появилась в драме «Вечный муж» (1990), где ведущую роль сыграла ее мама. В 28 лет Мария снялась в ленте Петра Тодоровского «Какая чудная игра» (1995). В том же году впервые получила крупную роль – в драме Карена Шахназарова «Американская дочь» (1995). Мария сыграла бывшую жену героя Владимира Машкова, которая втайне увезла их общую дочь в США, но отец похищает ребенка у матери. Фильм имел огромный успех в России. Через три года Шукшина появилась в драме Владимира Бортко «Цирк сгорел, и клоуны разбежались» (1998) – в роли второй супруги рефлексирующего режиссера.
Массовая популярность пришла к Марии в 1998-ом, когда ее позвали в телеведущие рейтинговой передачи Первого канала «Жди меня» – программе, которая ищет и соединяет потерянных людей. Сострадательная, не жалеющая слез в кадре, обаятельная Мария Шукшина мгновенно полюбилась зрителям. Телережиссеры не преминули снять Марию на волне ее популярности в своих проектах. Так с 2001 года Шукшина стала сниматься в телесериалах. Первым был проект Аллы Суриковой «Идеальная пара», где у Шукшиной была маленькая роль. Затем – мини-сериал «Люди и тени: Секреты кукольного театра» (2001) и «Приключения мага» (2003), где у актрисы опять был лишь эпизод – она сыграла потомственную колдунью. В 2004-ом году у 37-летней Шукшиной появилась крупная роль в сериале «Дорогая Маша Березина», где она воплотила роль супруги министра, которая пытается строить модельный бизнес самостоятельно. В том же году 37-летняя актриса появляется в главной роли в мелодраме Всеволода Шиловского «Не все кошки серы» (2004), а затем и сериале с говорящим названием «Я тебя люблю» в дуэте с Александром Абдуловым. Также Шукшина снимается в роли Нади в комедии Родиона Нахапетова «Моя большая армянская свадьба» (2004). В основном, Шукшина снимается в телесериалах («Террористка: Особо опасна», «Сделано в СССР», «20 лет без любви», «Кто, если не я?» и других).
Мария – многодетная мать, у нее четверо детей – дочь и три сына. Она была трижды замужем, но браки окончились разводом.
