Джонатан родился 9 января 1955 года в Детроите, штат Мичиган. Мать Джонатана Патрисия Кимбл работала в должности администратора, а его отец был профессором в колледже. Родители воспитывали его наряду с братом Дэвидом, ставшим со временем певцом и композитором, и сестрой Елизаветой. Детство мальчика прошло в Колумбусе, штат Огайо, после он учился в Университете Монтаны. Одновременно с этим Симмонс состоял в труппе театра Seattle Repertory. Затем Джонатан стал актером и певцом на Бродвее. Первую роль на телевидении начинающий актер получил в 1986 году. Он сыграл эпизодическую роль в детективном триллере Питера Левина Popeye Doyle. Главного героя на экране воплотил Эд О’Нил. Симмонс вновь ненадолго оказался перед камерами в американской детективной комедии «Осторожно, заложник!», где играли также Денис Лири, Джуди Дэвис и Кевин Спейси. Затем актеру предстояло озвучивать английскую версию полнометражного аниме известной японской студии «Ghibli» продюсера Хаяо Миядзаки «Война тануки в периоды Хэйсэй и Помпоко». Одновременно с этим Симмонс появился мелодраматической комедии о бейсболе «Скаут». Затем началась продолжительная работа в телесериале Дика Вульфа «Закон и порядок», созданном по заказу телеканала NBC. Джонатан играл роль доктора Эмиля Шкода и Джерри Люппина на протяжении нескольких лет в период с 1994 по 2010 годы, появившись, таким образом, в сорока шести эпизодах. Параллельно шли съемки в детективном сериале Тома Фонтана «Убойный отдел».
Далее последовала маленькая роль в комедии Хью Уилсона «Клуб бывших жен» и триллере Майкла Эптида «Крайние меры». Основные актерские составы обеих картин были по-настоящему звездными. В 1997 году актер вновь встретился на одной площадке с Дэнисом Лири, когда они приступили к работе над совместным американо-аргентинским триллером Хуана Хосе Кампанелла «Криминальный роман». Помимо этого Симмонс стал одним из участников ситкома «Спин-Сити», главная роль в котором изначально принадлежала звезде фильмов из серии «Назад в Будущее» Майклу Джей Фоксу, а после его ухода перешедшая к Чарли Шину.
В ремейке картины Фреда Циннеманна «День Шакала», снятого по роману Фредерика Форсайта, Джонатан исполнил роль агента ФБР Уизерспуна. Его партнерами стали Брюс Уиллис и Ричард Гир, а музыку к картине написал британский музыкант Ноэл Галлахер. Затем Симмонс приступил к заметному телепроекту «Тюрьма Оз». Его героем стал Верн Шиллингер, возглавляющий Арийское братство в экспериментальной тюрьме для особо опасных преступников. Его основными чертами были явная склонность к гомосексуализму и садистские наклонности. Благодаря стремлению к власти противоборство Верна с другим персонажем ленты Томасом Бичером превратилось в одну из основных линий сериала. В общей сложности Джонатан был задействован в пятидесяти шести эпизодах.
Одной из видных ролей становится участие в комедийном боевике Гора Вербински «Мексиканец», где совместно с Симмонсом работали Джулия Робертс и Брэд Питт. В семейной комедии Мэрилин Агрело «Тайный знак» Джонотан сыграл на пару с Джесикой Альбой. Помимо этого Симмонс стал завсегдатаем фильмов творческого дуэта Братьев Коэнов. Актера можно увидеть в их черной комедии «Игры джентельменов», шпионской комедии «После прочтения сжечь» и вестерне «Железная Хватка». В 2012 году на большие экраны вышел драматический триллер Брайана Клагмана и Ли Стернтала «Слова», где Симмонс также получил одну из ролей.
