Окончив в 1988 году Бостонский колледж, а за ним и Драматическую школу при университете Йеля, Томас МакКарти начал свою актерскую карьеру. Его экранный дебют состоялся в 1992 году в фильме «Мост». Через пять лет вышла и вторая картина с его участием – «Теория заговора». Известность актеру принесла комедия 2000 года «Знакомство с родителями» с Робертом Де Ниро и Беном Стиллером в главных ролях, в которой он сыграл доктора Боба Бэнкса.
В 2003 году вышел фильм «Станционный смотритель», к которому Томас Маккарти сам написал сценарий. За эту работу ему присудили Приз им. Уолдо Солта. Также творение МакКарти отметили призом зрительских симпатий как лучший драматический фильм, показанный на кинофестивале в Санденсе. Но и этими наградами дело не ограничилось. «Станционный смотритель» принес своему создателю премию Британской киноакадемии в номинации «Лучший оригинальный сценарий», призы на Сан-Себастьянском кинофестивале и двух киносмотрах – в Стокгольме и Мехико.
В 2006 году на экраны вышел фильм Клинта Иствуда «Флаги наших отцов». В нем актер исполнил роль Джеймса Брэдли. Свою вторую картину, которая называлась «Посетитель», Томас МакКарти представил на суд в 2007 году на кинофестивале в Торонто. Этот фильм кинокритики оценили очень высоко, «Посетитель» получил несколько призов. Актер Ричард Дженкинс, сыгравший в нем главную роль, был номинирован на премию «Оскар» в категории «Лучшая мужская роль».
В 2009-ом Томас МакКарти снялся сразу в двух проектах – «Милые кости» и «2012». Как режиссер он отснял пилотную серию сериала «Игра Престолов». Его премьера состоялась на канале HBO в апреле 2011 года. Позже МакКарти отказался принимать участие в создании сериала в связи с возникшими перестановками в актерском составе.
В 2010 году за сценарий, написанный для мультфильма «Вверх», Томаса МакКарти номинировали на «Оскар».
