В какой-то момент продюсеры запретили Дэвиду Финчеру снимать ключевую сцену в подвале тюрьмы между Рипли и чужим. Несмотря на запрет, Финчер взял Сигурни Уивер и камеру и снял сцену. В итоге она попала в окончательный монтаж.Изначально создатели хотели, чтобы чужой появился из груди Хикса, героя Майкла Бина. Для этого даже создали модель Хикса с разорванной грудью. Однако затем Бин узнал об этом, поэтому начал угрожать продюсерам судом за использование это модели без его согласия. В итоге продюсеры отказались от этой идеи, однако заплатили Бину за использование в фильме его фотографий. Считается, что за использование его фотографий в этом фильме Бин получил больше денег, чем за роль в фильме «Чужие» (1986). Сам Бин заявил, что был глубоко опечален, что создатели проекта решили убить его персонажа после успешного побега в ходе последнего фильма. Он считал, что его герой не должен был умереть.В первом варианте сценария Винсента Уорда, который получил зеленый свет, действие происходило на планетоиде «Арсеон. Там находился гигантский деревянный монастырь, окруженный бескрайним океаном. В монастыре проживало 350 монахов, которые считали, что они живут в постапокалиптическом средневековье. Монахи не признавали современных технологий, а уклад их жизни ничем не отличался от средневекового. Когда шатл Рипли приземлился на планетоиде, монахи обвинили начали обвинять ее в том, что именно она виновна во вторжении чужих. Рипли была беременна гибридом чужого-человека. Уорд Решил покинуть проект, так как продюсеры настаивали на том, чтобы он заменил монахов заключенными и отказался деревянного монастыря.Когда был закончен первый вариант сценария, действия в котором разворачивались в монастыре, началось возведение декораций. Однако сценарий постоянно переписывался, поэтому работы были остановлены. Несмотря на то, что в финальной версии сценария действие происходит в тюрьме, для съёмок фильма все еще использовались некоторые декорации помещений монастыря.Большая часть декораций завода была создана из картона.Гонорар, полученный за работу над фильмом, сценарист Винсент Уорд использовал для финансирования своей картины «Карта человеческого сердца» (1992).На монтаж фильма был потрачен целый год.В контракте актрисы Сигурни Уивер был специальным пункт, который указывал, что к сценарию фильма должны быть причастны Уолтер Хилл и Дэвид Гайлер. Уивер считает, что Рипли — сложный образ, и только Джеймс Кэмерону, Хилл и Гайлер могут раскрыть данного персонажа.В 1991 году съёмки фильма в Англии были остановлены и перенесены в Лос-Анджелес. Предстояло переснять множество, среди них и сцену убийства чужого в бассейне со свинцом. Сигурни Уивер снова требовалось побрить голову наголо. Она согласилась, но только если ей заплатят за это еще $40 000. Продюсеры отказались платить и решили нанять художника Грега Кэннома, чтобы тот создал специальный парик. В итоге парик обошелся в $16 000, а его создание потребовало много времени и усилий.Сооружение свинцового завода заняло 3 месяца.Первым привлеченным к проекту сценаристом стал Уильям Гибсон. В 1987 году он начал писать сценарий на основе идеи Гайлера и Хилла. К концу года он закончил первую версию сценария. Из него можно было узнать, что в мире существуют две могущественные державы: компания «Уэйланд-Ютани» и подчиненное ей правительство, а также Союз прогрессивных народов (Union of Progressive People), являющийся своеобразным космическим правопреемник СССР и организаций Варшавского договора. Этот сценарий был написан, когда участие Сигурни Уивер еще не было подтверждено, поэтому главными героями сюжета были Хикс и Бишоп. Однако, единственное, что осталось в фильме от идей Гибсона в - это тюремные номера на шеях заключенных.Еще один сценарий писал Дэвид Туи. По его задумке действия происходили на гигантской околоземной станции-тюрьме, принадлежащей компании «Уэйланд-Ютани». Фильм начинался с прибытия на станцию новых заключенных, среди которых значился и Скотт Стайлс. Данная станция служила для переработки руды в сталь для ее последующей отправки на Землю. В скором времени, на станции начинали происходить жуткие события, а заключенные начали погибать весьма изощренными способами.Сценарист Рекс Пикетт был нанят, чтобы помочь Дэвиду Финчеру и исправить вторую его половину, написанную Гайлером с Хиллом. Время сильно поджимало, и в итоге ему пришлось переписывать практически весь сценарий, собирая его по частям из предыдущих версий. Вскоре было принято решение отказаться от деревянного планетоида и «чужих-мутантов» и вернуться к тематике сценария Туи, заменив монастырь тюрьмой, а монахов — на заключенных. Часть декораций монастыря удалось переделать под тюремные, другая часть декораций (стоимостью в 7 миллионов долларов) так и осталась неиспользованной. В связи с этим в сценарии очень много нестыковок и ляпов.Из-за постоянных переделок сценария множество сценаристов заявляли свои права на упоминание в титрах, однако некоторые просто отказались от тяжб, упоминая, как неприятно было работать в такой атмосфере.Дэвид Финчер покинул проект сразу после съемочного периода и не участвовал в процессе монтажа. Он мотивировал это решение постоянным вмешательством студии в его творческий процесс. Также спустя годы он отказался записывать комментарии к фильму и заниматься монтажом режиссерской версии, говоря, что это уже невозможно, так как студия слишком сильно изменила его первоначальное видение проекта, и он никак не сможет собрать свою версию фильма из снятого материала. Финчер стал единственным из четверых режиссеров саги, отказавшимся пойти на это.Гэбриел Бирн рассматривался на роль Клеменса.В 2003 году вышла специальная версия фильма с хронометражем в 145 минут.Из-за постоянных переписываний сценария около 13 миллионов долларов было потрачено на декорации, которые даже не использовались в фильме.Изначально Сигурни Уивер вообще не хотела сниматься в фильме и хотела появиться лишь в камео.На пост режиссера пытались пригласить Ридли Скотта, но режиссер никак не мог взяться за фильм, так как в то время он разрабатывал сразу три проекта.За пределами съемочной площадки Сигурни Уивер приходилось носить парик, так как ее двухлетней дочери не нравилось видеть лысую маму.Лэнс Хенриксен согласился вернуться к роли Бишопа только в качестве личной услуги Уолтеру Хилу. Хенриксен всегда заявлял, что не любит фильм из-за его нигилистических тем.Первый фильм франшизы, в котором видно, как ксеноморф пожирает своих жертв. 
