Фильм начинается с рассказа о том, как в XVI веке один из торговых кораблей подвергается нападению пиратов из Братства Сенгх. В абордаже также участвует и главарь морских разбойников, Кабай Сенгх, который на глазах маленького мальчика убивает его отца. Мальчику удается спрыгнуть за борт и доплыть до берега острова Бенгалла. Там его находят аборигены из племени Туганды. Они относят парнишку к своему шаману, который дарует ему магическое кольцо с изображением черепа. Таким образом, появляется первый Фантом, который клянется искоренить пиратство, жадность и жестокость во всех их проявлениях.
Прошло 400 лет. На дворе стоит 1938 год. Четверо бандитов из Нью-Йорка – Квилл, Морган, Стайлс и Брин – нанимают мальчика Зака, в качестве своего проводника по тропическим лесам Бенгаллы. Там они надеются найти один из черепов Тугунды. Вскоре бандиты выходят к пещере, в которой находится некрополь древнего племени. Они связывают своего проводника и отправляются внутрь, где обнаруживают человеческие кости и драгоценности. Под мумией шамана Стайл находит то, что они искали – серебряный череп с вставленными в глаза сапфирами. Но когда он отдает его Квиллу, мумия оживает и убивает его. Остальные гангстеры быстро грабят склеп и уходят.
В погоню за гангстерами на белом коне и вместе со своим волком Дьяволом устремляется Фантом. Сначала он расправляется с Брином, а потом с Морганом. Однако справиться с Квиллом ему не удается. Тот ранит Фантома ножом и скрывается вместе с черепом. Во время их драки Фантом заметил на руке бандита татуировку в виде паутины – эмблему Братства Сенгх.
Брин и Морган попадают в Патруль Джунглей, где их допрашивает капитан Филипп Хортон. Испуганные бандиты рассказывают стражу порядка о Фантоме, но капитан не верит в легенду о том, что на протяжении четырех веков Бенгаллу охраняет бессмертный «Ходячий Призрак».
В убежище Фантома его рану лечит Гуран – слуга главного защитника Бенгаллы. Тем временем сам Фантом узнает о трех черепах племени Тугунды, которые обладают невероятной силой. Вскоре к Фантому является призрак его отца, который упрекает сына в том, что он позволил человеку из Братства Сенгх завладеть одним из черепов. Теперь Фантому необходимо остановить негодяев, так как если они соберут все три черепа, то смогут устроить настоящий конец света.
Действие фильма переносится в Нью-Йорк, где уважаемый член общества Дэйв Палмер узнает о том, что бизнесмен Ксандер Дракс собирается с помощью мистических сил завладеть всем миром. Однако доказательств у него нет, а угрозы со стороны злодея не позволяют ему отправиться в Бенгаллу, чтобы их добыть. Вместо Дэйва туда летит его дочь Диана. Об этом узнает Дракс и отправляет помешать ей отряд воздушных пиратов под руководством соблазнительной девушки по имени Сала. Пиратам удается взять Диану в плен. Вскоре об этом Фантому сообщает капитан Хортон, который оказывается уже давно ему помогает. Фантом спасает Диану и приводит в свое убежище, где дарит ей ожерелье из черного жемчуга. Он просит Филиппа защитить девушку, а сам скрывается в глубине пещеры.
В Нью-Йорке Квилл и Сала передают серебряный череп Драксу, который спрашивает у них, как Диане удалось спастись. Ксандер не верит в Фантома и тогда Квилл показывает ему доказательства того, что уже убивал его, но тот все равно вернулся. Тем временем в Нью-Йорк прибывает Кид Уокер, который на самом деле является Фантомом. Он находит Диану, с которой дружил во время учебы в университете, но после смерти отца был вынужден отправиться в Бенгаллу и стать новым Фантомом.
Диана и Кид узнают, что второй череп Тугунды находится в городском музее. Пока они туда едут, Дракс излагает сообщникам свой план по захвату мира с помощью силы трех черепов. Вскоре он пересекается с Дианой и Кидом в музее и берет их в плен. Он соединяет вместе два черепа и после мощнейшего выброса энергии лазеры из глаз черепов указывают место на карте, где находится третий череп.
Дракс приказывает убить Диану и Кида, но Кид перевоплощается в Фантома и расправляется с бандитами. Вскоре он пробирается на самолет, на котором Ксандер со своими сообщниками и плененной Дианой летит за третьим черепом. Самолет приземляется в лагуне неотмеченного на карте острова, где всех, кроме Фантома, пленяют люди из Братства Сенгх. Квиллу удается убедить пиратов в том, что они свои и те отводят их к своему главарю Кабаю Сенгху – прямому потомку того самого Кабая, который убил отца первого Фантома.
Ксандер и Квилл пытаются договориться с Сенгхом, но их предложения мало интересуют предводителя пиратов. Он сообщает им, что помимо трех черепов Тугунды существует еще один, который контролирует их силу. Квилл рассказывает Кабаю, что убил Фантома, но это тоже не впечатляет пирата. Он говорит, что Фантома убивали много раз, но он все равно возвращался. Тогда Дракс предлагает обменять третий череп на Диану – возлюбленную Фантома. В этот момент в торг вмешивается сам Фантом. Он освобождает Диану и вместе с ней и, перешедшей на сторону добра, Салой начинает драться с пиратами.
Дракс и Квилл сбегают, а Кабай нападает Фантома. Он говорит, что знает секрет его бессмертия. Однако в результате драки Кабай падает в ров с акулами, которые разрывают его на куски. Фантом, Диана и Сала расправляются с остатками шайки пиратов и собираются выбраться с острова на подводной лодке. В этот момент на Фантома нападает Дракс и Квилл. Пока Квилл дерется с Фантомом, Ксандер крадет третий череп и соединяет их с другими двумя. Смертоносным лучом из третьего черепа Дракс случайно распыляет Квилла, а потом направляет его и на Фантома. Однако герой отражает луч своим кольцом, которое и оказывается четвертым черепом Тугунды. В итоге черепа вместе с Дракслом разлетаются на кусочки, а Фантом вместе с Дианой и Салой покидают остров на подводной лодке. Логово пиратов взрывается.
В конце фильма Фантом рассказывает Диане историю своего рода и о том, что он уже 21-й Фантом. Он показывает склеп с надгробиями своих предков. Позже Диана просит его снять маску, при этом она называет его Кидом. Герой снимает маску и говорит, что может открыть всю правду только своей будущей жене. Они целуются и Диана улетает. Позже призрак отца Кида выражает надежду, что девушка вскоре вернется и продолжение рода будет обеспеченно. Ведь только после этого он сможет, наконец, уйти на покой.
