Пятнадцать лет назад в ходе научного эксперимента человечество стало жертвой вируса, названного «обезьяний грипп». Эпидемия унесла жизни большей части людей, а обезьяны, наоборот, начали эволюционировать. Началась война, люди и разумные обезьяны ведут борьбу за существование на планете.
Вожак обезьян Цезарь прячется со своим кланом в лесу, но их местоположение обнаруживают спецназовцы. Завязывается ожесточенный бой, люди несут большие потери. Двух оставшихся в живых солдат обезьяны берут в плен. Цезарь готов предложить людям мир и прекратить затянувшийся конфликт, если его клан оставят в покое. Не он развязал эту войну, виновник случившего – его соплеменник Коба. Он уже мертв, его убил Цезарь. Но некоторые из последователей Кобы присоединились к людям, чтобы отомстить Цезарю. Вожак обезьян узнает, что люди объединились под предводительством таинственного Полковника, который для них – все. Цезарь отпускает пленных с посланием к их командиру: отдайте нам леса и положим конец войне. За горами обезьяны-разведчики (старший сын Цезаря Синеглаз и его товарищ) нашли место, пригодное для нового дома. Нужно преодолеть безжизненную пустыню, там люди их не найдут. Цезарь принимает решение уходить с обжитых земель. Но в ночь перед уходом на лагерь обезьян совершается нападение. Жену Цезаря Корнелию и Синеглаза убивает Полковник. Младшему сыну удается спастись.
Цезарь просит возлюбленную погибшего Синеглаза Озеро позаботиться о малыше Корнелиусе. Оставшиеся в живых обезьяны отправляются в путь, а Цезарь остается, чтобы отыскать Полковника. Его сопровождают только верные помощники – орангутан Морис, горилла Лука и шимпанзе Ракета. Они верхом доезжают до заброшенного человеческого поселения. Обезьяны предполагают, что здесь обосновались солдаты. Вышедшего к ним человека они вынуждены убить. В поисках пищи обезьяны осматривают дома и обнаруживают девочку. С ней что-то не так, девочка не в состоянии произносить человеческие слова. Морис проникается сочувствием, ведь одна она здесь погибнет. Он уговаривает Цезаря взять ребенка с собой.
Отряд проникает в лагерь спецназовцев, где предавший их обезьяна-альбинос Зима сообщает о том, что Полковник и его люди ушли на базу, которую называли «Граница». Цезарь и его товарищи решают отправиться следом. Неподалеку от покинутого солдатами лагеря друзья видят три неподвижных человеческих тела с огнестрельными ранениями. Один солдат оказывается жив. Но он не может ответить обезьянам на вопрос, за что они были расстреляны своими. Чтобы прекратить бессмысленные страдания умирающего, обезьяны его убивают. Отряд Цезаря следует дальше. Они пытаются определить направление, куда им нужно двигаться, для чего спешиваются и забираются на вышку. В это время к их лошадям подкрадывается неизвестный, одетый в куртку с капюшоном. Он крадет оружие и одного коня, пытается скрыться. Друзья его преследуют. Погоня завершается поимкой вора на заброшенной горнолыжной базе, где выясняется, что это – шимпанзе. Он умеет говорить на человеческом языке, называет себя Плохой обезьяной. Выясняется, что Плохая обезьяна раньше жил в зоопарке. Во время эпидемии люди начали умирать, мутировавших обезьян они убивали. Плохой обезьяне удалось сбежать. Новый знакомый угощает Цезаря и его товарищей галетами, на пачке с которыми есть надпись: «Пограничная зона». Он говорит, что украл их в «зоопарке для людей». Друзья приходят к выводу, что это и есть военная база на границе. Они уговаривают Плохую обезьяну показать им дорогу туда.
Плохая обезьяна приводит отряд к базе, подходить ближе опасно. На разведку выдвигаются Цезарь и Лука. Их обнаруживает человеческий патруль. Лука первым замечает опасность и ценой собственной жизни спасает Цезаря. Друзья опечалены смертью товарища. Цезарь решает не рисковать остальными обезьянами, он проникает на объект в одиночку. Вокруг базы он видит тела казненных обезьян, они распяты на косых крестах. Один из несчастных еще подает признаки жизни. От него Цезарь узнает, что многие из его клана захвачены Полковником. Предводитель людей предпочитает не сразу убивать обезьян, он превращает пленников в рабов, заставляет их работать, обезьяны строят для него стену. Цезаря хватают солдаты. Они приводят его к Полковнику. В разговоре с плененным противником, Полковник объясняет причины, которые заставляют его вести эту жестокую войну. Оказывается, вирус, который уничтожил миллиарды людей и позволил обезьянам стать умнее, продолжает мутировать. Зараженные им люди постепенно деградируют, они утрачивают способность говорить, их разум подчинен лишь первобытным инстинктам. На базе Полковник не собирается объединяться с другими вооруженными формированиями людей. Он готовится держать оборону на объекте. Не все из выживших людей поддерживают позицию Полковника. Он предпочитает уничтожать зараженных людей, ему даже пришлось убить собственного сына. Но другие люди надеются, что лекарство от обезьяньего гриппа еще удастся найти.
Цезаря бросают за решетку, его морят голодом. Его соплеменникам, которые выполняют изнурительную работу на строительстве стены, тоже не дают ни пищи, ни воды. Цезарь пытается требовать от Полковника, чтобы тот накормил обезьян, дал им утолить жажду. Полковник угрожает убить вожака обезьян, если те не вернуться к работе. Обезьяны вынуждены подчиниться. Вскоре Полковник все же дает распоряжение дать рабам немного зерна и воды. Но самого Цезаря он продолжает истязать в назидание всем непокорным.
Друзья Цезаря наблюдают в бинокль за базой, они видят, каким мучениям там его подвергают. Девочка, которой Морис дал имя Нова, идет на базу, чтобы помочь Цезарю, дать ему пищу и воду. По своей наивности Нова не понимает, насколько это опасно. Ракета вынужден совершить отвлекающий маневр, чтобы охранники не заметили Нову. Он позволяет себя схватить, предоставив девочке возможность убежать. Во время работы в каменоломнях Цезарь и Ракета подают знаки Плохой обезьяне и Морису, они сообщают какое расстояние отделяет найденный Плохой обезьяной тоннель (через него когда-то тайно уходили зараженные люди) от клеток, где содержатся обезьяны. Подземный ход для побега роют изнутри и снаружи. Но до темницы, где томятся дети обезьян, прорыть не удается, поскольку тоннель может затопить вода. Обезьяны осуществляют альтернативны план спасения детей – поверху. Когда все пленники покидают территорию базы, Цезарь идет искать Полковника. В это время на базу нападают вооруженные силы людей. Начинается артобстрел, базу бомбят с вертолетов. Цезарь находит Полковника и понимает, что тот заражен. Он уже утратил способность говорить. Цезарь не в силах убить ставшего беспомощным врага, поэтому Полковник, собрав остатки воли, заканчивает жизнь самоубийством.
Взрывы во время ожесточенного сражения вызывают сход лавины. Она накрывает оба вооруженные формирования людей, вовлеченные в конфликт. Обезьянам удается спастись, забравшись на вершины сосен, растущих на горных склонах. Обезьяны пересекают пустыню и находят чудесное место для жизни в долине окруженного горами озера. Цезарь безмерно счастли видеть свой клан в безопасности, но силы его покидают, дают знать о себе полученные во время побега раны. Верный друг Морис утешает Цезаря: его сын Корнелиус будет знать, кем был его отец, и что Цезарь сделал для всех обезьян. Цезарь спокойно умирает.
