Хизер Мейсон и ее приемный отец Кристофер провели последние несколько лет, переезжая из города в город и скрываясь под фальшивыми именами. Хизер считает, что они находятся в бегах от полиции, поскольку Кристофер убил кого-то в порядке самообороны, а ее приемная мать Роуз погибла в автокатастрофе. На самом деле мужчина защищает Хизер от культа из Сайлент Хилла под названием «Орден». Роуз смогла освободить Хизер (Шэрон) из одного из альтернативных миров, используя половину Печати Метатрона, однако сама осталась заперта в Сайлент Хилле.
Хизер встречает сокурсника Винсента Купера, однако ее начинают преследовать галлюцинации о Сайлент Хилле. Затем к ней обращается частный следователь Дуглас Картлэнд, о чем девушка тут же предупреждает отца, однако члены Ордена похищают его и отвозят в Сайлент Хилл. Не зная об этом, Хизер отправляется в торговый центр, чтобы дождаться его, однако попадает в альтернативный мир. Появляется Дуглас, который сообщает, что его нанял Орден, чтобы найти ее. Вместо этого он решил помочь девушке, когда узнал, кто его заказчики. Неожиданно появляется монстр Миссионер, который убивает Дугласа. Хизер возвращается в реальный мир и убегает, однако теперь становится подозреваемой в убийстве Дугласа.
Винсент сопровождает ее домой, где они находят сообщение, которое инструктирует Хизер отправиться в Сайлент Хилл. В пути Хизер читает письмо от своего отца, в котором объяснена правда о ее происхождении и потерянных воспоминаниях. Хизер и Винсент отправляются в город, но останавливаются в мотеле, где Винсент сообщает, что приходится сыном лидеру Ордена Клаудии Вульф и был послан ею, чтобы убедиться, что Хизер приедет в Сайлент Хилл по собственному желанию. Он объясняет, что Хизер является частью Алессы Гиллеспи, девочки, чье сожжение 38 лет назад привело к смещению измерений города, в результате чего тот оказался в «Потустороннем» мире. Неожиданно появляется Миссионер, который хватает Винсента и говорит Хизер найти своего деда Леонарда, который владеет второй половиной Печати Метатрона.
Хизер отправляется в одну из альтернативных реальностей, чтобы найти Леонарда. Она встречает мать Алессы Далию, которая открывает ей, что Клаудия планирует добиться цели, что была намечена при сожжении Алессы. Затем Хизер находит Леонарда, который говорит ей, что Печать Метатрона открывает истинную природу вещей. После этого он соединяет части амулета и превращается в монстра. Однако Хизер удается заполучить амулет, убив Леонарда. Когда она убегает, то неосознанно вызывает Пирамидоголового, сущность, созданную для защиты Алессы. Героине приходится прятаться. После этого девушка становится свидетельницей того, как Винсента уводят прочь члены Ордена, так как он предал их.
Хизер спасает Винсента, и они отправляются в парк развлечений, где сокрыто святилище Ордена. Темная Алесса, являющаяся проявлением ее гнева, противостоит Хизер, которая поглощает свою противоположную половину сущности, что вновь делает Алессу единой. Затем Хизер отправляется к Клаудии, которая удерживает Гарри (Кристофера) и Винсента в заложниках. Клаудия сообщает, что Алесса должна была стать инкубатором для божества, которому поклоняется Орден. Это божество при своем рождении должно покарать всех грешников. Помня слова Леонарда, Хизер отдает Клаудии Печать Метатрона, и становится ясно, что та является Миссионером. Хизер призывает Пирамидоголового, который убивает Миссионера. После этого Хизер спасает Винсента и Гарри.
Когда туман рассеивается, Гарри решает остаться в Сайлент Хилле, чтобы найти и освободить Роуз. Хизер и Винсента он оставляет на попечении друг друга.
