Маленький мальчик заходит в одну восточную лавку. Сверстники смеются над ним, и поэтому он с ними не играет. Торговец замечает у мальчика в руках фигурку лего-человечка. Мальчик рассказывает, что фигурку зовут Ллойд. Тут торговец преображает фигурку мальчика в ниндзя, а затем достает другую фигурку – мудрого учителя Ллойда. Торговец начинает рассказывать мальчику историю о Ниндзяго. Это история о мальчике Ллойде, чей отец – самый опасный злодей на планете по имени Гармадон.
Гармадон не дает покоя миру своими постоянными атаками. Но есть отряд ниндзя, который противостоит ему. В отряд входят ниндзя огня, ниндзя земли, ниндзя льда, ниндзя молний, ниндзя воды и зеленый ниндзя. Никто не знает, кто эти герои на самом деле. В день рождения Ллойда, Гармадон звонит ему. Сын надеется на то, что отец хочет его поздравить, однако тот просто случайно сел на телефон. Гармадон больше обеспокоен тем, как разобраться с зеленым ниндзя.
Ллойду 16 лет. Он учится в старших классах. И все сверстники его недолюбливают. Едва Лллойд успевает добраться до школы, как на город Ниндзяго обрушивается с очередной атакой Гармадон. Услышав сигнал тревоги, почти все в школе прячутся под парты, но лишь Ллойд и пятеро его одноклассников – Коул, Джей, Кай, Ния и Зейн – просятся выйти в туалет. Оказывается, они и есть отряд ниндзя. Герои рассаживаются по своим роботам и отправляются сражаться с Гармадоном. Пока ниндзя разбираются с приспешниками Гармадона, тот направляется к главной башне Ниндзяго. И если он захватит ее, то он будет править городом.
Ллойд пытается пробудить в отце хоть какие-то чувства к себе, но тому совершенно безразличен собственный сын. Ниндзя отбивают атаку Гармадона, но тот обещает вернуться еще раз. Гармадон и не подозревает, что зеленый ниндзя и есть Ллойд. Вернувшись на свою базу, он приступает к созданию огромного робота. Когда ниндзя возвращаются в ангар, чтобы оставить там своих роботов, к ним приезжает сенсей Ву. Сенсей рассказывает ниндзя, что они должны полностью овладеть своей силой и тогда им не будут нужны никакие роботы, чтобы победить Гармадона.
Сенсей Ву отводит зеленого ниндзя и рассказывает ему, что он является самым сильным оружием. Также Ву открывает Ллойду тайну о том, что у него хранится супероружие. Ллойд просит отдать его ему, чтобы он смог расправиться с Гармадоном, но учитель не может отдать ему оружие, так как не уверен в том, что Ллойд сможет им правильно распорядиться. Сенсей Ву – брат Гармадона, и он чувствует большую ответственность за судьбу Ниндзяго. Ву очень стар, и он не сможет бесконечно присматривать за ниндзя. Он хочет, чтобы Ллойд возглавил отряд.
Вскоре Гармадон возвращается в город на огромном роботе. Ниндзя покидают свою базу и отправляются сражаться. В это же время приспешники Гармадона нападают на сенсея Ву. Неожиданно выясняется, что оружие Ллойда не может сокрушить нового робота. Гармадон взбирается на башню Ниндзяго. Ллойд тайно выкрадывает супероружие у сенсея Ву. Включив супероружие, Ллойд призывает в город огромную кошку. Та начинает прыгать на точки, которые подсвечиваются оружием. Гармадон отбирает оружие у Ллойда и расправляется с пятью ниндзя.
Гармадон торжествует. Тут Ллойд снимает маску, и его отец узнает правду. Затем Ллойд разрушает супероружие и сбегает, сказав Гармадону, что он жалеет о том, что тот его отец. Ллойд находит своих друзей живыми, но их роботы теперь уничтожены, и это произошло по вину Ллойда. Мастеру Ву тоже удалось выжить. Он рассказывает, что Ллойд призвал Мяузиллу. Лишь одна вещь может изгнать этого монстра из города – супер-пупер оружие. Это оружие хранится на другом конце острова. Но путь туда полон опасностей и пройти его сможет лишь настоящий ниндзя. Сенсей Ву хочет пойти туда один, но ниндзя просят их обучить, чтобы они помогли ему. Гармадон выслеживает отряд и отправляется за ними.
В лесу на героев нападает Гармадон. Ву вступает в бой с братом и строит вокруг него клетку на мосту. Но Гармадону удается хитростью сбросить Ву с моста. Тот падает в воду и его уносит течением. Гармадон пытается убедить героев, что им не проделать этот опасный путь через джунгли без его помощи. Отряд решает нести клетку с Гармадоном. Гармадону 174 года, он на 10 лет старше Ву, однако при этом выглядит значительно моложе. Гармадон говорит, что это все благодаря увлажняющему крему. Вскоре они доходят до развилки. Путь направо долг, тернист и озарен светом, а если пойти налево, то дорога будет более короткой, но там возможна встреча со скелетами. Мастер Ву просил их не сворачивать с верного пути, однако Гармадон убеждает их пойти короткой дорогой.
В итоге герои заходят на кладбище, где их окружают бывшие генералы Гармадона, которых он выбросил через вулкан. Разозленные генералы сажают в клетку к Гармадону и его сына и несут их к точной копии вулкана Гармадона, чтобы сжечь их там. Друзья бросили Ллойда и сбежали, но их начинает мучать совесть. Заметив, что Ллойда собираются сжечь, они решают прийти ему на помощь. Изучив стили ниндзя из записей, которые имелись на жестком диске у Зейна, они бросаются спасать друга.
Пока ниндзя строят корабль, на котором они смогут улететь, отец учит сына бросать предметы, что у него совсем не получалось. Один из генералов нападает на Ллойда и в итоге он остается без руки. Гармадон паникует, но Ллойд просит его собраться и просто поставить ему руку на место. У того все получается. Эта ситуация сближает отца и сына. Затем герои садятся на корабль и улетают. Вскоре их корабль терпит крушение, однако им удается добраться до Храма тонких материй. Оказывается, этот храм был домом Гармадона. Тут он провел свое детство.
В храме Ллойд видит фотографии отца с матерью и узнает о том, что его мама тоже была ниндзя. Родители Ллойда познакомились на полях сражений и влюбились друг в друга. Когда Гармадон с женой Коко впервые прибыл в Ниндзяго, та решила, что жизнь завоевателя не подходит для ее сына. В результате они расстались. Гармадон мог бы измениться, но не стал. В храме герои находят сундук со всеми их элементами – это и есть супер-пупер оружие. Гармадон предлагает сыну вернуться в Ниндзяго, там он станет настоящим отцом для своего ребенка, а Ллойду предлагает стать его первым генералом, сражаться на одной стороне, завоевывать новые города и править Ниндзяго. Но сын не хочет быть его генералом. Гармадон не хочет меняться. Он забирает сундук с супер-пупер оружием и сбегает, а сына и его друзей запирает в разваливающемся храме.
Тут Ллойд вспоминает совет мастера Ву. Тот говорил, что нужно обрести внутреннюю гармонию. Ллойд понимает, что они сами являются супер-пупер оружием, так как сила находится внутри них, и им не нужны элементы. Героям удается выбраться из храма, а затем их подбирает мастер Ву на своем воздушном корабле. Гармадон получается применить элементы против Мяудзиллы, но у него ничего не выходит. Кошка съедает Гармадона. Теперь достаточно лишь напугать Мяузиллу, и город будет спасен. Ллойд успокаивает кошку, а затем извиняется пред отцом и говорит, что ему жаль, что они все время сражаются, и что его не было рядом. Ллойд говорит отцу, что тот ему очень нужен. Гармадон начинает плакать своими огненными слезами, и в итоге кошка выплевывает его.
Ллойд понял, чего от него хотел дядя Ву. Именно Ллойд являлся связующим звеном для отряда ниндзя и для своей семьи. Мальчику удалось спасти город и свою семью. Мяузилла стал их талисманом. Коко и Ния открыли школу выживания для бывших генералов. А Гармадон научил сына не только бросать, но и ловить предметы. А Ллойд учит всех остальных тому, что даже если ты не такой как все, ты все равно способен на многое.
Торговец из магазина заканчивает свой рассказ. Мальчик думает, что теперь он стал мастером ниндзя. Торговец же говорит, что для того, чтобы стать мастером, мальчику понадобится терпение, упорный труд и смелось. Он обещает начать тренировать его.
