Чудом выживший после встречи с крокодилом охотник Джим Бикерман, ранним вечером, проводит на территорию хорошо защищённого от внешнего мира заповедника «Чёрное озеро» (расположенного рядом с одноимённым городом) учёных корпорации WEXEL (и наёмника, известного как Бич). В прошлом, после нападения крокодила, Бикерман потерял свой глаз, руку и ногу. На месте глаза у охотника повязка, вместо руки крюк, а вместо ноги — протез. По лесной местности, прямо в помеченную зону, приходит самка редкого крокодила. Бич погружает крокодила в сон выпущенным в него дротиком со снотворным. С наступлением пугающей темноты, Бикерман просит своих нанимателей поторопиться, поскольку, с его слов, там, где один крокодил, рядом с ним обязательно находятся ещё. Пребывая в фургоне-лаборатории грузовика, учёные изучают пойманного крокодила и рядом располагающихся змей — огромных анаконд — самцов и самку. Бикерману велят не мешать ходу работы, и просят его замолчать. Бикерман, собравшийся уйти, просит отдать ему деньги, о которых шла речь, когда он брался проводить группу на территорию заповедника. Бич заявляет охотнику, что он обязан был не только провести их к «Чёрному озеру», но и вывести обратно. Бикерман, решивший пойти на торг, даёт наёмнику бумажку с цифрами от кодового замка, позволяющего, при знании кода, как входить на территорию заповедника, так и выходить обратно. Бич понимает, что на бумажке указаны не все цифры, а только половина. Бикерман говорит, что вторую отдаст только тогда, когда ему заплатят.
Учёные берут образец крокодильей крови. Бич спрашивает учёных, почему они не поехали в основную лабораторию, а остались изучать крокодила в заповеднике. Также наёмника интересует, для какой цели им понадобились змеи. Главный учёный говорит, что они выполняют сложную процедуру, связанную с изменением ДНК змеи самки благодаря научному методу и при помощи взятого образца крови у самки крокодила. Затем — змеям остаётся лишь спариться. Бикерман просит Бича хотя бы показать ему деньги. Бич отдаёт Бикерману сумку с довольно крупной на вид суммой. Бикерман не берётся пересчитывать деньги, так как понимает, что всё на месте. Бикерман собирается уйти, тут Бич, наставив на охотника пистолет, говорит, что он не назвал оставшиеся цифры, которые необходимо ввести на кодовом замке. Бикерман с усмешкой припугивает наёмника, сказав ему, что заплаченная ему сумма денег — за работу, но не за молчание. Тем самым Бикерман даёт понять Бичу, что может позвонить в природоохранные органы. Неожиданно, в себя приходит крокодил. Крокодил высвобождается и разрывает на части одного учёного. Бич намеревается отбиться от крокодила автоматом, но выстрелить у него не выходит, так как крокодил, расшатывающий грузовик, заставляет его упасть на пол. Бикерман хватает сумку с деньгами и быстренько выбегает из фургона. Добежав до ворот, охотник вводит код и покидает пределы «Чёрного озера». Бич же отпугивает от себя крокодила при помощи огнетушителя. Второй учёный убегает и скрывается где-то в лесу. Все змеи оказываются на свободе. Бич таранит ворота. В перевозной лаборатории начинается пожар. Наёмнику в последний момент удаётся покинуть грузовик. Происходит взрыв убивший пойманную самку. Бича отбрасывает взрывной волной.
Из-за разрушенных ворот, очень много крокодилов покидают заповедник. Действие переносится в место для отдыха под названием «Чистое озеро». Местный егерь Уилл Талл, ведёт разговор со своим знакомым Эрлом, втихую промышляющим незаконной охотой на оленей вместе со своим юным сыном. Талл выписывает Эрлу штраф, который незадачливый охотник предпочёл вместо непродолжительного срока в заключении. Городок Чёрное озеро. К Реба, женщине-шерифу, подходит миссис Мэйлер, разыскивающая свою двадцатилетнюю дочь Дафни, куда-то пропавшую пару дней назад. Реба говорит Мэйлер, что дочь ищут, но скорее всего, по версии полиции, она находится со своим парнем Джаредом. Оказывается, что Дафни действительно находится с Джаредом. Когда Джаред приходит из магазина, он и Дафни принимаются заниматься сексом. Проникнувший в дом крокодил, прятавшийся под кроватью, в определённый момент нападает на ребят, убивая их. Корпорация WEXEL. Бич добирается до главного здания. Общаясь с Сарой Мёрдок, главой корпорации, Бич сообщает, что змеи оказались на свободе. Мёрдок говорит, что змей нужно отыскать, и не только потому, что они редкие, но и потому, что экстракт кровавой орхидеи, смешанный с секрецией скрещенной с ДНК огромнейшего крокодила анаконды, способен образовать эликсир молодости. Но для всего этого, на свет должны появиться рождённые анакондой крококонды. На кону миллиарды долларов.
Уиллу звонит его дочь Бетани, учащаяся в колледже и проживающая на его территории, и сообщает ему, что с подружками едет к «Чистому озеру». Тем временем Эрл и его сын, снова ведут охоту на оленей и попутно забрасывают территорию мусором. Пока Эрл младший идёт за новой порцией еды к машине, на старшего нападают множество маленьких крокодилов, не оставляя мужчине никаких шансов выжить. Выжившего учёного находит один из крокодилов и съедает его. Уилл и шериф объединяются и идут по следу сбежавших крокодилов. Вскоре Уилл выясняет, что крокодилы направились к «Чистому озеру», где отдыхает Бетани, её подруги, а также множество других девушек и несколько парней. Сара, Бич и пара других наёмников, находят в одном из баров Бикермана, которого они заставляют помочь им ориентироваться в местных землях. Уилл и Реба находят крокодильи следы. Появляется сам крокодил и атакует героев. Съесть Уилла и Ребу крокодилу мешает анаконда. Анаконда набрасывается на крокодила, обвивает его тело, тем самым сдавливая. Крокодил лопается и разлетается на кровавые ошмётки. Поскольку крокодилы и змеи уже во всю зверствуют на «Чистом озере», в живых из многочисленных студентов, остаётся только Бетани и несколько других девушек. Некоторых крокодилов девушкам удаётся передавить машиной, однако машину сминает анаконда.
Бич, Сара, Бикерман и оставшийся в живых наёмник находят катер. Когда они плывут выслеживая самку анаконды, катер атакует крокодил. Бикерман падает за борт, Бич хочет его спасти, но управляющая катером Сара решает бросить охотника. Бикерман утаскивается на дно крокодилом. Все основные выжившие действующие лица сходятся в одном месте. Самец анаконды остаётся один, но он гибнет от лопастей вертолёта Сары. Вертолёт выходит из строя и взрывается. Бич, против воли Сары собирается прикончить самку анаконды, но та его проглатывает. Внутри змеи, наёмник взрывает гранату. Вместе со анакондой наёмника разносит на куски. В финале выясняется, что Бикерман снова пережил атаку крокодила, в этот раз обошлось без увечий. Сару арестовывают. Кошмар же не закончен, так как Уиллу ещё предстоит отыскать всех крокодилов. Кроме того, в лесу анаконда отложила яйца, из которых вылупились крококонды.
