Волшебный лес. Ночью сюда приходят три мужчины. Они ловят в дупле фею, потом обнаруживают поляну, заросшую светящимися цветами. Двоих браконьеров атакует черная летучая тень, к ним тянутся корни и ветви деревьев, люди истошно вопят. Третий браконьер убегает из леса. Он подбегает к замку, сучится в двери у подножья одной из башен. Открывается окошечко. Человек обменивает пойманную фею и сорванный цветок на деньги.
Закадровый голос: давным-давно жила фея Малефисента. Она сделала доброе дело, сняв заклятие с прекрасной Авроры. Но прошло время, и в памяти людей Малефисента снова стала злой колдуньей.
Принц Филипп приходит на Болото и делает предложение руки и сердца здешней королеве Авроре. Та с радостью отвечает согласием. Ворон Диаваль сообщает об этом событии Малефисенте.
В замке Алстед Филипп сообщает своему отцу королю Джону, что Аврора ответила согласием. Король рад: теперь между людьми и обитателями Болот наступит мир. Королева Инргит делает вид, что тоже рада известию. Но она ставит условие: крестная Авроры фея Малефисента должна нанести визит в замок.
Малефисента прилетает к Авроре, говорит, что не согласна на ее брак с Филиппом. Авроре удается уговорить крестную. Она говорит, что их пригласили на ужин к королевской чете.
Ингрит через потайной ход попадет в арсенал, где в больших количествах изготавливают оружие. Там же ее помощник Ликспиттл изучает принесенный ему с болт цветок гробоцвет. В стеклянных банках сидят плененные людьми феи. Королева торопит Ликспиттла. Тот показывает Ингрит остроконечное веретено: готово! Превосходно.
Малефисента и Аврора приходят на ужин. Аврора уговаривает крестную мать прикрыть рога на ее голове шарфом: так будет спокойней. Во время застолья Ингрит, ведя светские разговоры, провоцирует Малефисенту. Она обвиняет фею в убийстве двух людей, которые ночью зашли на Болота. В ответ Малефисента выдвигает свои обвинения: люди похищают фей и эльфов. Разгорается скандал. Внезапно король падает на пол. Ингрит кричит, что его заколдовала фея. Малефисента улетает из замка, летит через реку, отделяющую страну людей от Болота. В нее из арбалета стреляет помощница Ингрит Герда. Пронзенная железной стрелой, Малефисента падает в воду и идет ко дну. С неба в воду ныряет крылатое существо, голову которого украшают рога. Существо поднимает Малефисенту из воды и уносит прочь.
Ингрит убеждает Аврору остаться в замке после свадьбы. Она говорит, что станет девушке настоящей матерью. А Малефисента наложила заклятье на короля. Филипп предлагает матери поцеловать мужа: любовь снимет чары. Ингрит наклоняется к Джону и шепчет: ты хотел мира – так покойся с миром. Она говорит сыну: в жизни все не так, как в сказках.
В замке начинаются приготовления к свадьбе. Жителей Болота приглашают на праздничную трапезу. Феи, эльфы и прочая нечисть дружно устремляются в замок. Они размещаются в часовне, после чего солдаты запирают двери снаружи.
Ингрит разговаривает с Ликспиттлом. Тот говорит, что изобрел чудо-порошок, который мгновенно уничтожает нечисть. Это смесь железа и вытяжки из цветов гробоцвета.
Королева направляет солдат в лес, где они собирают растущие там цветы.
Малефисента приходит в себя. Она очутилась в гнезде черных эльфов. Это ее сородичи. Один их вождь Коналл спас Малефисенту. Он выступает за мир с людьми. Второй вожак – Борра – считает, что нужно немедленно атаковать замок: на свадьбу туда соберется множество людей, их можно будет уничтожить в одном месте. Коналл рассказывает Малефисенте, что она – прямой потомок птицы Феникс, родоначальницы племени черных эльфов. Только она обладает могучей силой, неподвластной прочим ее соплеменникам.
В часовне, где заперты обитатели Болота, Герда играет на органе, из трубы которого потоками воздуха выносит волшебный порошок. Попадая на тела эльфов и фей, порошок мгновенно их уничтожает. Нечисть мечется по часовне в поисках выхода.
Аврора проникает через потайной ход в арсенал и выясняет, что именно Игнрит уколола веретеном мужа и наложила на нее заклятье. Поняв, что она разоблачена, Ингрит садит Аврору под арест. Но той удается сбежать, она и пришедший ей на помощь Диаваль пытаются отпереть двери часовни, но у них это не получается.
Замок атакуют по воздуху черные эльфы. По команде Ингрит солдаты стреляют в нападающих из арбалетов, приводят в действие баллисты, которые мечут в эльфов тыквы, начиненные волшебным порошком. Эльфы отступают, перестраиваются, снова атакуют. Им удается пробраться на территорию замка, начинается всеобщее побоище. На помощь своим приходит Малефисента. Благодаря ее чарам Диаваль превращается в огромного медведя и ломает двери часовни. Обитатели Болота вырываются из ловушки.
Аврора поднимается на башню, где находится Ингрит. Она уговаривает королеву заключить мир. Туда же приземляется Малефисента. Ингрит стреляет в Малефисенту из арбалета, та рассыпается в пыль. Ингрит торжествует, она начинает поучать Аврору, сообщая ей, что искусство правления заключается в том, чтобы вызвать у подданных страх. Малефисента возрождается из пепла и превращается в гигантскую птицу Феникс. Ингрит толкает Аврору с башни, Феникс несется за ней, Ингрит убегает, но ее ловят черные эльфы.
Фениксу удается поймать Аврору над землей. Он превращается в Малефисенту. Аврора уговаривает ее заключить с людьми мир.
С короля Джона снимают заклятье. Королеву Ингрит Малефисента превращает в козу.
Аврора сообщает людям и обитателям Болота, что свадьба все-таки состоится. Она приглашает в гости всех: мы никого не обидим.
В присутствии людей и обитателей Болота происходит церемония бракосочетания Авроры и Филиппа. На следующее утро Малефисента прощает с Авророй. Но на крестины она обещает обязательно прилететь. Малефисента взмывает в небеса.
