Анимационный фильм начинается с того, что главные герои, брат и сестра Мари и Фриц, играют на улице и ждут встречи со своим крестным Дросселмиром. Последний дарит крестникам один общий подарок: Щелкунчика.
Параллельно рассказывается история мышей, главных антагонистов. Они портили королю жизнь, и поэтому он приказал их изловить. Лишь королева избежала этого. В качестве ответного удара, она с помощью черной магии создала Мышиного Короля, отвратительного монстра с несколькими головами и превратила принцессу в монстра. Чтобы снять проклятие, нужно привести героя в сапожках, который, в свою очередь, раскусит особый орех. На это отведен срок в пятнадцать лет. Если не успеть, девочка останется монстром навсегда. Верный инженер (он же господин Дросселмир) потратил почти весь срок, пока не понял, что им является его же племянник Натаниэль.
Мари замечает, что подарок крестного является живым. Однако Фриц случайно его сломал. После небольшого ремонта, девочка окончательно убеждается в своей правоте. Ночью Щелкунчик во главе армии солдатиков в бой с мышами. Мышиный король также желает сразиться со своим врагом. Желая помочь, девочка прогоняет грызунов.
Щелкунчик своей спасительнице отправиться в свое королевство, но ключ от него в данный момент у ее отца. К несчастью, крысы об этом также узнали.
Получив ключ, Мари попадает в Королевство, где также превращается в игрушку. Щелкунчик знакомит ее со своей сестрой, принцессой Мармелад. В это же время выясняется, что Натаниэль справился со своей задачей. Король и королева даже решили сделать мальчика принца. Но злодеи в качестве мести превратили его в деревянную игрушку. Заклятие можно снять чем-то невероятно сладким.
Крысы проникают в дом положительных персонажей и берут в плен Фрица. Сестра пытается спасти его, но терпит неудачу. В итоге из плена им приходится вместе спасаться.
Злодеи осаждают замок. Детям удается помочь в битве. Солдаты держаться до тех пор, пока им на помощь не пришли желейные гиганты. Мышиному королю удается сойтись в схватке один на один с отважным Щелкунчиком и погибает, упав с башни. Лишившись своего предводителя, войско разбежалось. Победу удается одержать.
После победы Мари просыпается в своей кровати. С Щелкунчика снимается проклятие. Как оказалось, той самой сладостью была любовь.
