Вскоре после побега Индоминуса Рекса в 2015 году команда наемников прибывает на заброшенный остров Нублар с вулканом, чтобы собрать ДНК из останков в лагуне. После того, как они собирают образец кости, мозазавр пожирает их подводный аппарат. Тираннозавр атакует вертолет, но им удается сбежать с образцом, что позволяет мозазавру сбежать в океан.
Три года спустя комитет Сената обсуждает, следует ли спасать динозавров от извержения вулкана. Математик Ян Малкольм утверждает, что динозавры должны погибнуть сами, чтобы исправить клонирование Джона Хаммонда. Бывший менеджер «Мира Юрского периода» Клэр Диринг основала Группу защиты хороших динозавров. После того, как Сенат принял решение не спасать животных, бывший партнер Хэммонда, сэр Бенджамин Локвуд, вызывает Клэр в свое поместье. Локвуд и его помощник Илай Миллс раскрывают план по переселению динозавров в новый заповедник для развлечения. Клэр необходимо активировать систему слежения, чтобы найти удивительных животных, в частности Блю, последнего велоцираптора. Клэр предлагает привлечь Оуэна Грейди, уже бывшего тренера первых велоцирапторов.
Прибыв к острову Нублар, Клэр и техник Франклин Уэбб восстанавливают систему слежения. Оуэн, ветеринар Зия и команда самых опытных наемников Кена Уитли выслеживают Блю. В велоцираптора стреляют, а Уитли дает Оуэну успокоительное. Затем Уитли бросает Оуэна, Клэр и Франклина на острове, а Зию берет в заложницы, чтобы спасти Блю при любых обстоятельствах. Корабль отчаливает, а оставшихся зверей оставляют умирать. Клэр, Франклин и Оуэн проникают на борт и помогают Зии перелить Блю кровь Тираннозавра.
Пойманных динозавров перевозят в поместье Локвудов, где живет внучка Локвуда Мэйзи. Они также увидят Индораптора, трансгенного динозавра, созданного генетиком Генри Ву. Ву нужна ДНК Блу, чтобы создать улучшенного Индораптора, способного подчиняться командам. Мэйзи сообщает Локвуду об аукционе, тот бросается на Миллса, который убивает его. Оказывается, девочка была клонирована с умершей дочери Локвуда.
Проданных с аукциона динозавров вывозят. Зию. Оуэн подговаривает стигимолоха взломать их камеру. Они встречают Мэйзи и узнают, что Индораптор продается, несмотря на протесты Ву. Оуэн срывает аукцион. Уитли усыпляет Индораптора, чтобы вырвать зуб в качестве трофея, но гибрид убивает Уитли и других во время побега. Он преследует Оуэна, Клэр и Мэйси по особняку, пока Блю не сталкивается с ним. После стычки на вершине оба зверя проламываются сквозь нее, причем Индораптор натыкается на череп цератопса, убивая его и оставляя маленького Блю невредимым.
Когда утечка цианистого водорода угрожает динозаврам в клетках, Клэр пытается освободить их, но Грейди ее отговаривает. Мэйзи выпускает последних зверей. Когда Миллс пытается сбежать с костью Индоминуса Рекса, тираннозавр пожирает его. Остальные герои сбегают, в то время как Блю и другие динозавры покидают поместье. На новых слушаниях Малкольм объявляет миру о начале «нового Юрского периода», когда люди и динозавры должны сосуществовать.
