По морю плывет пиратский корабль под черным флагом. Его капитан – черный Билл. За ним следует лодка под черным флагом, на котором нарисована одноглазая акула. Ведет этот кораблик мальчик, который называет себя капитаном Шарки, самым грозным пиратом семи морей.
Оба судна причаливают в гавани Хоумпорта. Боцман Хруст (крыса) приветствует капитана Шарки. Рядом с ним еще два члена команды: обезьянка Флипс и попугай Коко. Хруст готов погрузить на борт продовольствие. А Шарки отправляется в город, чтобы раздобыть компас.
По набережной в сопровождении солдат Адмирал ведет свою дочь Бонни. Она не хочет идти в школу, где из нее собираются сделать настоящую леди. Бонни усаживают на адмиральский корабль под конвоем.
Мальчик Майки идет на рынок за продуктами. Флипс ворует кокос, бросает его в руки Майки. Торговец обзывает мальчика вором и пускается за ним в погоню. Шарки ворует на рынке компас, он убегает от разгневанного торговца и врезается головой в спину Билла, который танцует с девицей. Один из пиратов Билла отвешивает Шарки пинка, тот начинает бросать в пиратов кокосами, ему помогает Флипс. Появляется Майки, убегающий от торговца. Шарки пускается в бегство, к нему присоединяется Майки. На призывы торговца откликаются солдаты Адмирала, пираты и солдаты гонятся за мальчиками. На набережной стоят клетки с крабами, Флипс освобождает их, крабы атакуют солдат, те останавливают погоню. Оставшись без присмотра на корабле, Бонни прыгает в воду и плывет к лодке Шарки. Шарки прыгает в лодку, к нему вынужден присоединиться Майки. Лодка отчаливает от берега. Шарки обнаруживает в лодке Бонни. Девочка подобрала обороненный им компас. Она говорит, что отдаст его Шарки, если тот возьмет ее с собой. Шарки соглашается.
Адмирал провозглашает, что выплатит награду в 100 дублонов тому, кто доставит его дочь и ее похитителей. Черный Билл говорит своей команде, что нужно получить такую награду.
Адмирал бросается погоню за лодкой Шарки. Чтобы увеличить скорость, с лодки приходится сбросить весь балласт, в том числе и заготовленное продовольствие. Лавируя среди рифов, Шарки уходит от погони. Адмирал не рискует повторить его маневры, чтобы не посадить корабль на рифы.
Лодка Шарки причаливает к острову. Он показывает Бонни и Майки стоящую на стапеле шхуну. Она готова к отплытию, ей нужны только запасы продовольствия и компас. Бонни говорит, что она тоже хочет плавать на шхуне. Шарки отказывает ей. Они ссорятся. Шарки забирает у Бонни компас. Ночью Бонни и Майки сидят на берегу в стороне от Шарки и его команды. Майки говорит, что хочет вернуться домой. Ты умеешь управлять лодкой? Бонни говорит, что она с детства умеет ходить под парусом.
Хруст уговаривает Шарки взять в команду Бонни и Майки. Шарки идет к берегу, чтобы сообщить Бонни эту новость, но видит только парус уходящей в открытое море лодки.
На остров высадились пираты Билла. Шарки говорит, что ему нужны матросы на его шхуну, он предлагает Биллу и его людям войти в состав его команды. Билл смеется над Шарки, называет его хвастливым мальчишкой. Хруст открывает по пиратам огонь из пушки. Шхуна сходит со стапелей в море, Шарки успевает забраться на борт по трапу, спущенному Хрустом. Шхуна выходит в открытое море.
На море штормит. Шарки говорит, что в такую погоду лодка может утонуть.
Бонни гребет веслом, стоя на днище перевернутой лодки. Она говорит Майки: бесполезно, нас сносит течением. Может быть, пустимся вплавь? Я не умею плавать. Ребята замечают парус. К ним приближается шхуна Шарки, которая называется «Акула» ее преследует корабль капитана Билла, за этими передвижениями с борта своего корабля наблюдает в подзорную трубу Адмирал. Шарки берет на борт Бонни и Майки. Он берет курс на ближайший порт, где можно приобрести продукты – Оранджтаун. Но там пиратов не любят. Об этом знает Билл, поэтому он спускает черный флаг и поднимает вместо него штаны своего матроса. Шарки говорит, что ни за что не опустит пиратский флаг. «Акула» приближается к гавани Оранджтауна. Шхуну встречают артиллерийским огнем. Одним из выстрелов разбит руль шхуны, ее несет на скалы, но, оказывается, за плетями вьющихся растений в скалах скрыт проход в грот, куда и попадает судно Шарки. Пираты теряют «Акулу» и налетают на скалы. Билл и его команда спасаются на берегу, их судно идет ко дну.
В гроте Шарки и его команду встречает гигантский король крабов. Он говорит, что ненавидит пиратов. Когда-то один из них по прозвищу Черный Джек отрубил ему клешню. Бонни: но у вас две клешни. Отросла. Но я оторву вам всем по одной руке, тогда мы будем квиты. Так нечестно, у людей руки не отрастают. Появляются подданные короля крабов. Пощелкиванием клешней они сообщают королю, что именно команда Шарки выпустила их на волю в Хоумпорте. Король меняет свое отношение к Шарки и его друзьям. Он обучает их крабьему танцу. Если его станцевать – все крабы станут твоими друзьями.
Шарки просит крабов отремонтировать руль шхуны. Руководить работами он оставляет Хруста, остальные члены команды выбираются по подземному ходу из грота на поверхность и отправляются в Оранджтаун за продовольствием.
В гавань Оранджтауна входит корабль Адмирала. Он просит мэра города принять его и дать возможность разыскивать дочь. Ему говорят, что в городе не любят ни пиратов, ни адмиралов. Адмирал остается ночевать на судне.
Коко и Флипс воруют еду в кафе Оранджтауна, в этом обвиняют Майки. Мальчика ловят солдаты и передают его Адмиралу. Тот приковывает Майки цепью к мачте. Но я же не пират! Ты – наживка.
Шарки говорит, что нужно освободить Майки. Он с друзьями возвращается в грот. Крабы отремонтировали руль. Но в грот спускаются пираты во главе с Черным Биллом. Их атакую крабы, пираты отбиваются саблями. Появляется король крабов. Пугаясь его, Билл утверждает, что они просто хотели войти в состав команды Шарки. Хруст говорит Шарки: не бери их, они головорезы. Но нам понадобятся головорезы. Шарки требует, чтобы пираты сдали оружие Хрусту. После этого берет их на борт и выходит в море. Король крабов приказывает одному из своих подданных следить за событиями. Краб по имени Тревор тайком проникает на борт «Акулы». «Акула» уже приближается к судну Адмирала, когда Билл и его пираты поднимают бунт и захватывают «Акулу». Они подходят к борту корабля Адмирала и передают ему пленников. Билл поднимается на борт и требует обещанную награду. Вместо этого Адмирал запирает пиратов в трюм. При помощи Бонни Шарки удается бежать на свою шхуну, он пытается уйти от корабля Адмирала, но тот отдает приказ, и артиллерийские орудия своими выстрелами топят «Акулу».
Бонни и Майки сидят на палубе, прикованные к мачте. Хруст, Флипс и Коко сидят в подвешенной к мачте птичьей клетке.
Обломки шхуны выносит на берег острова. В одной из выброшенных на берег бочек оказывается Шарки. Он пытается соорудить из обломков своего корабля плот, у него ничего не получается. Как же трудно что-то сделать без своей команды! Появляются крабы во главе с Тревором. Они помогают Шарки соорудить плот и установить на нем парус.
Пираты грустят сидя в трюме, им не хочется на тюремный остров, куда из везет корабль Адмирала. Один из пиратов пытается прикурить трубку. Его останавливает Билл: ты что делаешь, мы же сидим в пороховом трюме. Тут бочки с порохом!
Плот Шарки разбивает налетевший шквал. У него остается кайт. Он несется на доске под парусом по волнам.
Билл поджигает фитиль. Он зовет Адмирала: отпусти нас, или я взорву корабль. Лучше погибнуть, чем попасть в тюрьму. Бонни кричит отцу: не верь ему, он трусливый лжец. Адмиралу сообщают: парус на горизонте.
Мимо судна на кайте носится Шарки, он пролетает над палубой, прыгает на борт, а вместо себя цепляет к парусу Адмирала. Его уносит в небо. Солдат атакуют крабы под руководством Тревора.
Пираты в трюме роняют горящий фитиль и не могут его погасить. Корабль неминуемо взорвется. Нужно покидать судно. Билл умоляет Шарки выпустить его с пиратами из трюма. Шарки поручает Коко, которого он освободил из клетки, забрать у Адмирала ключи. Коко взлетает и забирает ключи. Шарки освобождает Бонни и Майки, они прыгают за борт прямо на спину приплывшему им на подмогу королю крабов. Шарки бросает ключи пиратам, те выбираются на палубу и прыгают за борт. Корабль взрывается. Пираты оказываются на крохотном необитаемом островке. Краб везет Шарки и его друзей на берег. С кайта на спину крабу прыгает Адмирал.
Краб высаживает своих пассажиров на берег. Бонни мирится с отцом. Он согласен не отдавать ее в школу при условии, что Шарки перестанет быть пиратом. Ни за что! Адмирал дочери: но ты же знаешь, как я отношусь к пиратам? Король крабов говорит, обращаясь к Адмиралу: я тебя узнал. Ты тот самый пират Черный Джек, который отрубил мне клешню. Адмирал говорит об ошибках молодости. Краб готов расправиться с ним. Бонни говорит: кажется, я знаю, как мы можем договориться.
Шарки, которому Адмирал предоставил новую шхуну, готовится выйти в открытое море. На борту шхуны Хруст, Флипс, Коко и Бонни. Она говорит: жалко, что Майки нет с нами. По набережной бежит Майки: стойте, я с вами. Он запрыгивает на борт. Шхуна выходит в открытое море, дети поют веселую песенку о том, как здорово промышлять морским разбоем.
