Начало фильма. Американский мальчик азиатского происхождения, чьё имя нам не называют, по вине неизвестного киллера лишился отца. Спустя годы, росший сиротой мальчик превратился в яростного бойца, зарабатывающего на хлеб участвуя в подпольных боях, где нет никаких правил. Дабы быть как можно более законспирированным, герой никому не называет своё имя, предпочитая использовать прозвище Снейк Айз. В один из дней на протагониста выходит богатый и влиятельный босс якудза Кента. Он предлагает Снейк Айзу найти убийцу отца, однако взамен Кента хочет, чтобы Снейк Айз работал на него. Не сразу, но всё же движимый желанием найти убийцу отца и расквитаться с ним, Снейк Айз принимает предложение.
Работая на якудзу, в момент Снейк Айз вынужден доказать неоспоримую лояльность клану, и теперь он должен убить кузена Кенты по имени Томми. Снейк Айз отказывается убивать несчастного и вместо этого помогает ему сбежать. Когда-то Томми и Кента были претендентами на то, чтобы возглавить старинный клан Арашикага, специализирующийся на защите мира и гармонии. В борьбе за власть, нечистый на руку Кента пытался убить кузена, но потерпел неудачу и в итоге был изгнан.
В знак благодарности Томми доставляет Снейк Айза в свою обитель в Японии, где предлагает ему присоединиться к клану Арашикага. Нынешний лидер клана — бабушка Томми, соглашается принять в Арашикагу иноземца, но для начала Снейк Айзу необходимо пройти три испытания, по которым можно будет определить, достоин ли он вступления в клан или нет.
Акико, глава службы безопасности Арашикаги, сразу же начинает испытывать к Снейк Айзу острое недоверие, однако герою, поведав девушке трагическую историю своей жизни, удаётся завоевать её лояльность.
Как вскоре выясняется, Снейк Айз планирует предать новых союзников из Арашикаги. Также раскрывается, что покушение на убийство и побег с Томми — хитроумный план Кенты и Снейк Айза. Втеревшись в доверие клана, по заданию Кенты Снейк Айзу надо украсть древний магический и сокрушительной мощи артефакт, известный как Солнечный камень.
После прохождения двух испытаний, Снейк Айз приступает к третьему: он спускается в яму с гигантскими анакондами, чтобы те смогли учуять, чисты ли его мотивы, душа и сердце. Из-за своих тёмных секретов и единственной цели в жизни, суть которой месть за смерть отца, анаконды нападают на Снейк Айза и чуть не убивают его. Лишь благодаря вмешательству Акико Снейк Айз оказывается спасён.
Провалив третье испытание, Снейк Айз объясняется перед лидером клана и подвергается изгнанию. Проявив смекалку и хитрость, Снейк Айз тайком возвращается в обитель клана и крадёт Солнечный камень. Непреднамеренно попавшись Акико на краже и доставив артефакт Кенте, герой осознаёт, что террористическая организация "Кобра", с которой связался Кента, с помощью Солнечного камня способна ввергнуть мир в хаос. Кента и представитель "Кобры" по прозвищу Баронесса, выдают Снейк Айзу убийцу его отца. Снейк Айз узнаёт, что убийца является агентом "Кобры".
Выходит так, что за убийством отца протагониста стояли люди из "Кобры". Снейк Айз осознаёт, что всё это время он был марионеткой в руках опытных манипуляторов. Желая всё исправить, герой щадит человека, убившего его отца и устремляется к обители клана Арашикага, дабы предупредить лидера о готовящемся нападении со стороны Кенты и его приспешников. Несмотря на возникший конфликт, Томми идёт со Снейк Айзом на временное перемирие, позволив ему помочь в сражении с Кентой. На подмогу клану подоспевает Скарлетт, боец из американской военной организации G.I. Joe.
После того как Кента предаёт Баронессу и по ранее обговорённым с ней условиям сделки не отдаёт Солнечный камень, непосредственно сама Баронесса заключает условный союз с кланом Арашикага и своим заклятым врагом в лице Скарлетт. По итогу продолжительного сражения, все люди Кенты оказываются побеждены. Томми вооружается оброненным кузеном Солнечным камнем. Когда Кента предпринимает попытку ретироваться, преисполненный ярости Томми использует силу камня, дабы убить его. И всё же Кенте удаётся сбежать, однако Снейк Айз нагоняет злодея и загоняет в яму с анакондами. Почувствовав, что в Кенте нет ничего положительного, змеи пожирают его. А вот Снейк Айза змеи отпускают, так как он перешёл на сторону добра и очистил душу и сердце от присутствия тьмы.
В финале фильма бабушка Томми говорит ему, что он никогда не станет её преемником. Всё из-за того, что в бою парень задействовал Солнечный камень, поддавшись влиянию его опасной силы и соблазну в дальнейшем использовать её. Томми повергается в ещё большее неистовство и уходит из клана, не собираясь возвращаться в него — перед уходом он обещает оставшемуся в клане Снейк Айзу убить его, если они снова встретятся... От Скарлетт Снейк Айз узнаёт, что его отец был агентом G.I. Joe. Скарлетт предлагает Снейк Айзу вступить в G.I. Joe, но сначала герой намерен вернуть Томми. В межтитровой сцене Томми кооперируется с Баронессой и берёт себе новое имя — Сторм Шэдоу.
Отзывы