В секретной лаборатории происходит ЧП и компьютер блокирует выходы во избежание распространения Т-вируса.
Главная героиня Элис приходи в себя и не может вспомнить кто она. В дом врывается спецназ и срочно эвакуирует ее и мужчину по имени Мэтт, тоже оказавшегося в доме, по тоннелю к поезду. В пути к Элис вспышками возвращаются воспоминания.
Группа добирается до подземной лаборатории. Компьютер сразу обнаруживает их присутствие. Элис рассказывают, что она – спецагент корпорации Амбрелла, занимающейся исследованием вирусов в лаборатории, расположенной под городом Раккун-сити. Элис и ее напарник Спенсер жили в особняке под видом семейной пары и охраняли единственный вход в лабораторию.
Когда центральный компьютер заблокировать внутри весь персонал, отключить его была послана спецгруппа, но компьютер блокировал их действия нервно-паралитическим газом, вызывающим амнезию. Теперь они проникли внутрь, чтобы завершить начатое.
Компьютер мешает продвижению бойцов, несколько из них погибают, но оставшимся удается отключить искусственный интеллект. Блокировка дверей снята и по комплексу начинают ходить зомби, в которых превратился пораженный вирусом персонал. Элис и другие выжившие вновь включают компьютер, чтобы понять, как уничтожить зомби.
Элис и Спенсер вспоминают о событиях до заражения. Оказывается, это Спенсер пытался украсть вирус. Он убегает, оставляя остальных разбираться с зомби. Некоторые члены команды инфицированы, но компьютер готов помочь только при условии, что агенты уничтожат зараженных. Главная задача компьютера не допустить, чтобы вирус вышел на поверхность. Элис находит ампулы с антивирусом. Выжившие спешат к поезду, который отвезет их на поверхность. Выбраться наверх удается только Элис и Мэтту.
Мэтт инфицирован. Элис собирается ввести ему антивирус, но в дом врываются люди и порознь уводят Элис и Мэтта. Элис приходит в себя в пустой больнице. Выйдя на улицу, она понимает, что зомби вырвались из лаборатории. Она находит дробовик и смотрит вперед, готовая к битве.
