Прошло несколько месяцев с тех пор, как Люди Х остановили Вильяма Страйкера. Победа дорого им стоила: в битве они потеряли Джин Грей, которая пожертвовала собой ради них. Скот Саммерс (Циклоп) все еще не в состоянии оправиться после ее смерти. Внезапно перед ним появляется Джин Грей, переродившаяся в Темного Феникса. Поцелуем девушка убивает своего возлюбленного.
Противостояние между людьми и мутантами достигло своего апогея. Наконец-то ученые выявили ген, который отвечает за изменения, и изобрели лекарство, блокирующее его. Люди Х потрясены этой новостью. Вскоре она доходит и до Магнето. Он решает организовать армию мутантов и начать полномасштабную войну против людей. Логан и Гроза едут на озеро в поисках Циклопа, но вместо него они находят Джин Грей в бессознательном состоянии.
Воскресшая девушка эволюционирует в Феникса, ее силы становятся настолько опасными, что она уже не может их контролировать в полной мере. При помощи приобретенных способностей она убивает Профессора Ксавье и сбегает с Магнето. У злодея готовится план: он хочет убить мальчика, гены которого содержат лекарство от мутации.
Магнето во главе армии разбивает мост в Сан-Франциско и направляет его на Остров Алькатрс, что позволяет им проникнуть в тюрьму. Начинается финальная битва. У человеческих солдат появилось особое оружие, вместо пуль оно стреляет лекарством. У людей Х возникает план: отвлечь Магнето и излечить его, избавив при этом от способностей. Люди стреляют в Джин Грей, но она не подпускает лекарство достаточно близко к себе. Только Росомаха смог подойти к ней из-за своих регенерационных возможностей. Джин просит Логана убить ее. Предполагается, что профессор Х выжил, переместив свое сознание в другое тело, а Магнето утратил не все свои силы…
