Фильм начинается с инцидента на острове Исла-Сорна, расположенном в непосредственной близости от острова Нублар, где проходили действия первого фильма. Британская пара остановилась у побережья, чтобы расслабиться, и их дочь ушла гулять. Вскоре она сталкивается с группой компсогнатов, которые нападают на нее.
Затем повествование переключается на Яна Малкольма, которого вызывают в особняк Джона Хаммонда, «бывшего» главы InGen. Малкольм встречает там внуков Хаммонда Лекса и Тима, с которыми он встретился на Исла Нублар в первом фильме. Малкольм также встречается с племянником Хаммонда Питером Ладлоу, который вступил в должность нового генерального директора InGen. Они обмениваются колкостями из-за последствий инцидентов в Парке Юрского периода. Малкольм обвиняет Ладлоу за сокрытие того, что действительно произошло, и Ладлоу утверждает, что Малкольм стал публично рассказывать истории о происходящем. Малькольм говорит, что рассказывал только правду, и не брал деньги за это.
Малькольму разрешают посетить Хаммонда, который сейчас прикован к постели. Малкольм оказывается шокирован, когда Хаммонд рассказал ему о Зоне B. Остров Нублар был местом для Парка Юрского периода, но Зона B была тем местом, где животные были изначально созданы и выращены. Однако после урагана «Кларисса» Зона B была эвакуирована, и животные были выпущены, чтобы свободно бродить по округе, при этом они обитали в среде, свободной от вмешательства человека. Это шокирует Малькольма, так как он полагал, что динозавры должны были умереть, поскольку они были выведены с дефицитом лизина, который необходимо было доставлять медицинскими средствами. Хаммонд объясняет, что он понятия не имеет, почему они все еще живы, и шокирует Малкольма, когда он объясняет, что была нанята исследовательская группа для проведения исследований по этому вопросу. Хаммонд хочет, чтобы Малкольм стал четвертым членом команды.
Затем Хаммонд объясняет, что после инцидентов в Парке Юрского периода InGen в течение некоторого времени находился на грани банкротства, и Правление пожелало использовать оставшихся динозавров на Зоне B для получения прибыли. Хаммонд смог удерживать их от этого до инцидента с британской семьей. После этого контроль над InGen был отнят у Хаммонда, и он объясняет, что его планы относительно исследовательской группы рассматриваются как возможное препятствие для всего, что запланировал его племянник Питер.
Малкольм отказывается от предложения Хаммонда и планирует убедиться, что исследовательская группа не ступит на остров. Однако вскоре он обнаруживает, что его бывшая подруга Сара Хардинг уже прибыла на место. Малкольм тут же отправляется в путь, чтобы спасти Сару из Зоны Б.
Следующая остановка Малкольма - гараж, принадлежащий Эдди Карру, который готовил машины и оборудование для экспедиции. Малкольм также встречает Ника Ван Оуэна, который планировал снять видео и фото для экспедиции Хаммонда. Вскоре к Малкольму присоединилась его дочь Келли. Келли хочет поехать в экспедицию, но Малкольм объясняет, что она не может поехать. У них есть небольшая размолвка, прежде чем Малкольм отправляет ее прочь.
Малкольм, Эдди и Ник перевозят два внедорожника и модифицированный RV в Коста-Рику, а затем отправляются на Зону B. Однако перевозчик отказывается ставить якорь возле островов, утверждая, что некоторые люди бродили слишком близко к цепи островов и их больше никто не видел. Ник объясняет, что острова известны как Лос Синко Муэртес («Пять смертей»).
Оказавшись на острове, Эдди, Малкольм и Ник разыскивают Сару, используя маячок на ее рюкзаке. Они видят, как она фотографирует стадо стегозавров, и Сара, похоже, в порядке. Вскоре после встречи с ней они замечают дым, идущий со стороны машин, и группа обнаруживает, что Келли пряталась в одной из них. После этого они замечают несколько вертолетов InGen, которые везут машины и оборудование.
Команду Питера Ладлоу ведет Роланд Тембо, охотник за крупной дичью, целью которого является поиск различных динозавров для InGen. После того, как задание по захвату оказывается завершено, Роланд идет дальше, чтобы попытаться убить тиранозавра, что он считает вознаграждением за свою работу. Вместо этого Роланд находит маленького тиранозавра и приковывает его цепью, надеясь, что его крики выманят его родителей.
Тем временем Ладлоу организовал спутниковую связь с правлением InGen. В беседе он пытается протолкнуть рекламную кампанию о Парке Юрского периода, построенного в более удобном месте. Ладлоу рассказывает о своей мечте- Парке Юрского периода: Сан-Диего, когда внезапно на лагерь нападают динозавры, которые были в клетке несколько минут назад (освобожденные Ником Ван Оуэном и другими).
На обратном пути к машине Ник находит маленького тиранозавра и, замечая, что он, похоже, ранен, уговаривает Сару взять его с собой, чтобы подлечить. Вернувшись к RV, Келли отмечает, что Рекс издает звуки, которые могут привлечь других животных. Малкольм просит Эдди отвезти Келли в специальную клетку, высоко в деревьях, вдали. Когда они смотрят на деревья, знакомый звук доносится до ушей Малкольма, а затем он возвращается к RV.
Вскоре после этого тираннозавры приходят за своим ребенком, и он возвращается им. Тем не менее, они затем продолжают толкать RV с близлежащего утеса. Эдди направляется к ним на помощь и умудряется спасти Малкольма, Сару и Ника, но не раньше, чем его самого съедят Рексы.
Вскоре герои встречаются с группой Ладлоу и Роланда, и теперь им нужно работать вместе, чтобы покинуть остров. Единственный способ радиосвязи для связи сейчас находится на главном объекте во внутренней части острова. Ладлоу предупреждает их, что это будет опасно, так как приборы показывают, что велоцирапторы находятся в глубине острова.
Затем группа отправляется вглубь острова. Однажды вечером, очень близко к месту назначения, тиранозавры случайно находят их. Пока самка преследует одну группу, Роланд пытается убить самца. Однако вскоре он обнаруживает, что кто-то вынул снаряды из его оружия, и вместо этого он использует транквилизаторы, чтобы усыпить тварь.
В растерянности некоторые люди разбегаются в поле с высокой травой, где на них нападают велоцирапторы, прячущиеся в поле. Малкольм, Келли, Сара и Ник добираются до заброшенного главного корпуса. В то время как Ник связывается со спасателями, Малкольм, Сара и Келли пытаются отбиться от группы хищников, которые преследовали все это время. Им удается сбежать (вместе с Ником), когда на объект прибывает вертолет. Когда вертолет взлетает, они видят, что группа также спасла Роланда, Питера Ладлоу и некоторыых из оставшихся в живых. У них также оказывается установлена гигантская клетка для транспортировки усыпленного тиранозавра, которого они готовятся погрузить на корабль.
Обе группы прибывают в Сан-Диего, штат Калифорния, где Малкольм и Сара быстро направляются к штабу InGen, где Ладлоу организовал в последнюю минуту пресс-конференцию, чтобы объявить о прибытии самца тиранозавра в качестве главной достопримечательности для строящегося парка.
Однако корабль, на котором находится существо, попадает в аварию в доках. Ладлоу, Малкольм, Сара и некоторые рабочие отправляются на борт, где находят расчлененные части команды и разломанную клетку, в которой находилась тварь. Внезапно двери грузового отсека распахиваются, и появляется тиранозавр, который тут же покидает корабль и убегает в сторону города.
Сара и Малкольм вскоре находят выжившего члена экипажа, который объясняет, что после того, как они перевозили динозавтра, он перестал дышать, поэтому ему вкололи еще одну дозу лекарства. Однако правильная дозировка им была не известна. Из-за этого животное оказалось обезвожено. Сара полагает, что тиранозавр сначала найдет воду, а потом будет искать еду. Они получают известие о том, что Ладлоу также привел маленького тиранозавра и доставил его на своем личном самолете в парк, который все еще строится. Они отправляются туда, чтобы забрать его, в надежде использовать его, чтобы заманить тиранозавра обратно в доки.
Вылечив малыша, они обнаруживает тиранозавра, бродящего по городу. Услышав и понюхав младенца, чудовище следует за Малкольмом и Сарой обратно в доки. Ладлоу, услышав о случившемся, приказывает застрелить самца и вернуть младенца. Когда он видит, как Малкольм и Сара несут младенца на грузовое судно, он быстро следует за ними, и находят малыша в грузовом отсеке. Ладлоу пытается выманить его, но вскоре после этого самец входит в трюм и ранит Ладлоу, прежде чем позволить сыну убить его.
Затем Сара запускает дротик с транквилизатором в тиранозавра, так что тот слабеет, после чего Малкольм закрывает двери трюма. После этого флот и новая команда сопровождают корабль обратно в Исла-Сорна, а Малкольм и Сара отдыхают перед телевизором.
