Кукольник Крэйг Шварц не преуспевает в своем деле, да и его жена Лотти не разделает его страсть к куклам, а он – ее любовь к животным, которые заполнили их небольшую квартиру. Крэйг вынужден устроиться на офисную работу в весьма странное место, где даже невозможно выпрямиться в полный рост из-за низких потолков. Там он влюбляется в коллегу по имени Максин, которая не отвечает ему взаимностью.
Но внезапно герой находит небольшую дверь, с помощью которой оказывается в сознании актера Джона Малковича. Крэйг видит его глазами и чувствует все, что испытывает Малкович. Но через 15 минут его выкидывает оттуда. Мужчина делится своим открытием с Максин, и они решают заработать на этом, позволяя другим посещать сознании Джона Малковича за деньги.
Позже Крэйг говорит об этом и Лотти, его жена также посещает сознание Малковича и тоже влюбляется в Максин. Но Максин согласна быть с Лотти только пока та находится в теле Малковича. Крэйг, узнав об этом, запирает свою жену и сам отправляется в тело Малковича, чтобы быть с Максин. Лотти тем временем находит Лестера, который открывает ей тайну о портале в сознание Джона Малковича. Оказывается, что он вместе с группой других людей планирует продлить свою жизнь, навсегда вселившись в тело актера, когда ему исполнится 44 года. Так как после этого портал будет вести уже к новому человеку.
Но кукольник Крэйг вдруг понимает, что может держать Малковича под контролем на неопределенный срок. Он проводит в его теле 8 месяцев и становится всемирно известным кукольником, женится на Максин и узнает, что она беременна. Лестер вместе с остальными угрожают Крэйгу и приказывают покинуть тело Малковича. В это время Максин сообщает, что внутри актера была Лотти, когда был зачат ребенок, поэтому решает остаться с ней.
Лестер вместе со своими друзьями берут под контроль тело Малковича. Крэйг спешит снова войти в портал, чтобы снова быть им, но внезапно попадает в тело следующего носителя – дочери Максин. Он остается навсегда заперт внутри нее, бессильный и вынужденный наблюдать, как Максин и Лотти счастливо живут вместе.
