В сериале две сюжетные линии. Одна из них протекает в СССР в 1986 году, другая — в Италии XVII—XVIII веков, во времена, когда жил и творил выдающийся скрипичный мастер Антонио Страдивари.
Следователю прокуратуры Станиславу Павловичу Тихонову поручают расследовать кражу в квартире прославленного музыканта — скрипача, народного артиста СССР Льва Иосифовича Полякова. Преступление выглядело бы банальной кражей со взломом, если бы не пропажа легендарной скрипки Страдивари «Санта-Мария». В ходе расследования выясняется, что похищение скрипки и было главной целью злоумышленников, а личные вещи хозяина квартиры «прихватил» один из второстепенных участников преступления. Теперь уникальная скрипка может покинуть пределы СССР.
В ходе следствия Тихонов наталкивается на активное сопротивление преступников. Расследование постоянно пытаются сбить с верного пути, бросая тень подозрения на бывшего друга Полякова, когда-то подававшего надежды скрипача, а ныне сотрудника серпентария Павла Петровича Иконникова. Давняя история дружбы и соперничества Иконникова и Полякова становится ключом к разгадке преступления.
Параллельным сюжетом изложена жизнь Антонио Страдивари. Годы юности и ученичества у великого Николо Амати в Кремоне. Затем Антонио женится, открывает собственную мастерскую. Талантом, но прежде всего своим тяжёлым ежедневным трудом, мастер добился признания своих инструментов во всей Европе. По сюжету, похищенную у Полякова скрипку «Санта-Мария» с её мощным и радостным звучанием, Страдивари создал к собственной свадьбе. В фильме показана драма Страдивари-отца и Страдивари-мастера, который пытался передать сыновьям секреты мастерства и привить любовь к делу своей жизни, но не преуспел в этом. Духовным преемником Страдивари становится Джузеппе Гварнери (Дель-Джезу́).
Название сериала отсылает к древнегреческому мифу о Минотавре — чудовище с телом человека и головою быка, обитающем в подземном лабиринте острова Крит. Философско-психологический подтекст фильма построен на идее сопротивления человека своему «внутреннему Минотавру» — жадности, зависти, злобе. «Минотавр» зависти к гению, пожирающий преступника, толкает его на похищение бесценной скрипки.
