Возможности Элис растут, она и её клоны врываются в корпорацию "Амбрелла". Действие происходит на штаб-квартире, в бункере Токио. Они убивают всех, только Альберту Вескеру — руководителю — удаётся сбежать на самолете, причем мужчина успевает включить на базе функцию самоуничтожения. Однако настоящая героиня не погибает, а преследует его на том судне. Злодей вкалывает ей препарат, который отбирает способности девушки, данные компанией несколько лет назад. Теперь она обычный человек. Вескер хочет прикончить её, но неожиданно их корабль разбивается.
Элис оказывается на аэродроме и оттуда летит на Аляску, в Аркадию, где пока еще нет инфекции. Там якобы должны быть её друзья. Только на том месте — просто пустырь. Вдруг девушка обнаруживает Клэр, к груди которой прикреплено устройство в виде паука с эмблемой "Амбреллы". Оно впрыскивает жидкость, из-за которой у последней амнезия. Вместе подруги отправляются в Лос-Анджелес, где лишь кишащие повсюду зомби, но на крыше тюрьмы замечают спасшихся людей. Они высаживаются там, и при общении становится ясно, что Аркадия — корабль, который сейчас где-то у берегов.
Из новой команды выживает только Крис, который утверждает, что он — брат героини, потерявшей память. Втроем товарищи выбираются через тоннель в канализацию, вырытую бешеными существами. Добравшись до судна, герои выясняют, что оно тоже принадлежит компании, которая продолжает ставить здесь свои эксперименты над незараженными. В отсеке отряду встречается Вескер. Мужчина пытается вновь сбежать на самолете, но Элис взрывает его. Теперь на Аркадию высаживается огромное количество людей под руководством Валентайн, и у неё на груди уже знакомый нам паук. Фильм заканчивается фразой главной героини "У нас проблемы!".
