Главный герой фильма – Такуро Накамура, в крещении отец Николай – в прошлом спортсмен, а сейчас священник японской православной церкви. У него есть родной брат – глава одного и влиятельных кланов якудза. И когда его жизни начала угрожать смертельная опасность ему пришлось переехать жить в российское село Глубокое. Здесь он знакомится с местным блаженным Макаркой, Андреем Нелюбиным, которого все на селе считают главным благодетелем и Шатуном, в доме которого ему приходится ночевать. Ночью на участке Яхонтовых загорается сарай, где они держали кроликов. Пока все село тушит пожар пьяный Петя Еремин ползает неподалеку и орет, что так Яхонтовым и надо. Между ним и главой семейства Яхонтовых – Константином завязывается потасовка, но приехавший на место наряд милиции забирает в участок только Чингизку – парня который просто разнимал дерущихся. За всем этим внимательно наблюдал отец Николай.
Мудрый японец понимает, что там, где нет церкви, там и сладу между людьми нет. Поэтому он принимает решение восстановить разрушенную деревенскую церковь. Себе в помощь он нанимает Петю Еремина. Конфликт между Константином и Петей начинает нарастать и вот уже Яхонтов держит Петю под прицелом своего ружья. Он обвиняет его в поджоге и похищении детей. Ситуацию разряжает, неожиданно появившийся, Нелюбин из машины которого выскакивают счастливые дети. Еремин пишет заявление на Константина в милицию, а вечером отец Николай уговаривает его простить Яхонтова и забрать свое заявление. Этим сильно недоволен Нелюбин. Оказывается, это он подстроил ситуацию с детьми, чтобы Константин и Петр снова сцепились. Ему необходимо выселить всех людей из деревни, потому что здесь находится ценнейшее месторождение красной глины. Он сначала угрожает отцу Николаю, но когда видит, что угрозы не помогают, он велит своим людям избить священника.
Ради своей цели Нелюбин идет на крайние меры. Он планирует перестрелять всех жителей, растащить их по своим домам и сжечь село. Яхонтов и Шатун отстреливаются от бандитов, а остальные жители бегут в церковь, чтобы укрыться там. Вместе с отцом Николаем они запираются внутри, но бандиты во главе с Нелюбиным пробираются внутрь. Там лицом к лицу их встречает отец Николай и властным голосом приказывает им убираться. Угрозы священника не действуют на вооруженных головорезов, но тут неожиданно колокол, который был недавно повешен в церкви падает прямо на головы бандитов. Яхонтов бросается на Нелюбина, но священник велит не убивать его. В конце фильма отец Николай получает известие о том, что его брат убит. Он летит в Японию, где его встречает тот из-за кого ему пришлось скрываться.
