Матрица: Перезагрузка (Фильм 2003)

После признания своей сущности Нео становится главной силой сопротивления в Матрице. Но несмотря на то, что теперь повстанцам не страшны агенты, им грозит уничтожение в реальном мире. Главный город людей, подземный Зион, в опасности. Искусственному интеллекту стали известны координаты поселения, и теперь механические спруты роют планету, чтобы уничтожить человечество. Морфеус верит, что городу не нужно обороняться, так как оракул скоро посвятит Нео в подробности нового пророчества. Нео отправляется к Пифии, которая рассказывает ему о Главном компьютере Матрицы, завладев которым люди смогут изменить ход войны.

Сервер спрятан, и лишь один человек знает, как его найти. Это таинственный Ключник, заточенный в тюрьме программы по имени Моровинген. Между тем в Матрице вновь появляется агент Смит, получивший после сражения с Нео новые способности. Теперь он стал свободной программой, вирусом, способным на бесконечное самокопирование. Смит проникает в реальный мир, клонировав себя в тело повстанца. Позже Нео, Морфеус, Тринити и команда приходят к Моровингену с визитом, но Ключника все равно приходится спасать силой. Старик успевает поделиться нужным ключом с Нео, но сам погибает от рук агента Смита. Нео проникает в Главный компьютер, который является также ядром самого мира Матрицы. Внутри Избранный обнаруживает комнату с Архитектором системы.

Архитектор сообщает Нео, что все, во что верили люди, - фикция. Ложь, созданная машинами для соблюдения баланса между миром Матрицы и реальным миром. На самом деле пророчества нет, а Избранного добавили в Матрицу для того, чтобы после очередного уничтожения Зиона он отбирал выживших, чтобы продолжить род и перезагрузить систему. Пока Нео беседует с Архитектором, Тринити атакует агент, она погибает. Архитектор ставит ультиматум Нео. Либо Избранный следует программному алгоритму, проведя перезагрузку, чтобы спасти человечество, либо он спасает любимую, но человечество погибает. Нео выбирает Тринити. Ему удается вернуть ее к жизни, но в реальном мире армия людей терпит поражение. На корабле Нео рассказывает Морфеусу суть Матрицы, после чего капитан «Навохудоносора» впадает в уныние. Команда корабля спасает с поля боя единственного выжившего, которым оказывается боец, в которого вселился Смит. Нео обнаруживает у себя сверхспособности в реальном мире.