Прототипами бандитов для сериала стали настоящие преступники курганской преступной группировки.Сериал «Крот» стал третьей совместной работой режиссёра Эрнеста Ясана и сценариста Виктора Мережко. До этого были фильм «Прости» (1986) и мини-сериал «Рэкет» (1992). Во всех трёх проектах Виктор Мережко сыграл второстепенные роли.Рабочие названия сериала — «Москва бандитская», «Сага о криминале», «Во имя отца и сына».В сценарий сериала «Крот» вошёл ряд сюжетных линий, которые были подготовлены автором для продолжения 5-серийного фильма «Рэкет». Из-за скоропостижной кончины актёра Сергея Шкаликова, игравшего в «Рэкете» одну из главных ролей, проект продолжения осуществить так и не удалось.Распространено мнение, что адвокат Сабур из «Рэкета» и наркобарон Сабур из «Крота» — один и тот же персонаж. На самом деле в фильме «Рэкет» Сабур — это фамилия адвоката, а Сабур в «Кроте» — прозвище, производное от фамилии Сабурцев.«Крот» стал второй совместной работой для актёров Павла Новикова и Алексея Осьминина. До этого они оба дебютировали в фильме «Многая лета» из сериала «Улицы разбитых фонарей» (1 сезон).На роль Сергея Кузьмичёва также рассматривался актёр Андрей Чернышов. В итоге он сыграл эпизодическую роль охранника Виктора Сергеевича.Во время подготовительного процесса режиссёр Эрнест Ясан хотел без проб привлечь к съёмкам «Крота» известного тележурналиста и ведущего Андрея Норкина (тогда — ведущего информационной программы «Сегодня» на телеканале НТВ). По его задумке, он должен был играть там роль одного из высокопоставленных функционеров. Норкина не отпустил сниматься гендиректор канала Евгений Киселёв, посчитавший, что тем самым он размоет свой экранный образ.Прототипом Вахтанга Маргеладзе стал криминальный авторитет и спортсмен Отари Квантришвили (брат Отари — Амиран Квантришвили действительно был убит раньше чем Отари, примерно на год, а его ближайшим другом и партнёром был Анзор Кикалишвили). Прообразами бандитов из группировки Кузьмичёва стали представители Курганской ОПГ, прототипом Кости и Санька стал известный в Москве киллер Александр Солоник. В сериале также встречается множество аллюзий на бандитские разборки в Москве начала 90-х годов: Ресторан «Мандарин» — явный намёк на ночной клуб «Арлекин», вокруг которого завязалась криминальная война в 93-94 гг. Хозяева «Мандарина» — Арсен и Бесик явные намёки на лидеров Бауманской (Чеченской) ОПГ. Сам образ Кузьмичёва также близок к образу самого известного в Москве криминального авторитета 90-х «Сильвестра», Сергея Тимофеева.Роль Анзора Маргеладзе, родного брата Вахтанга, сыграл родной брат Дмитрия Нагиева Евгений.Несмотря на то, что действие сериала происходит в Москве, большинство сцен были сняты в Санкт-Петербурге. Это заметно по некоторым городским локациям и кодам «78» и «98» на автомобильных номерах, случайно попавших в кадр. В финальных титрах упоминается, что сериал снят на производственной базе киностудии «Ленфильм». В Москве лишь снимались эпизоды, в которых необходимо было подчеркнуть столичный антураж: Кремль, здание МГУ, Комсомольская площадь, Ваганьковское кладбище, гостиница «Украина» и т. д.Роль Владимира Старкова стала последней работой в жизни актёра Алексея Осьминина. 6 июля 2002 года он трагически погиб — выпал из окна номера гостиницы. Это случилось в Омске, где Алексей был со своим театром на гастролях. Озвучивание роли в «Кроте-2» Алексей закончил буквально за несколько дней до трагедии.Консультантом сериала выступил подполковник милиции Александр Бобров. Также он оказывал консультационные услуги при производстве сериалов «Бандитский Петербург» (3-6 части) и «Агентство „Золотая пуля“».Сцены в отделе милиции, которым руководил майор Гурин, снимались в Адмиралтейском РУВД Санкт-Петербурга.Именно в сериале «Крот» (2 сезон, 1 серия) впервые прозвучала фраза «Не мы такие, жизнь такая», ставшая крылатой после выхода фильма «Бумер».Для образа скинхеда Любани актрисе Анне Миклош пришлось кардинально сменить имидж — она побрилась наголо.Некоторые сюжетные линии 2-го сезона были посвящены проблемам наркомании в молодёжной среде. Для режиссёра Эрнеста Ясана эта тема была сугубо личной: незадолго до съёмок сериала от передозировки наркотиков скончался его сын Максим.Съёмочный период обоих сезонов в среднем составлял три с половиной месяца. Съёмки 1-го сезона проходили с августа по ноябрь 2000 года, съёмки 2-го сезона — с сентября по декабрь 2001 года.Вторая часть сериала с некоторых пор фактически запрещена к показу на ТВ. Так, в 2003 году на НТВ и в 2015—2016 гг. на канале «Звезда» демонстрировалась только первая часть сериала. Авторы фильма связывают это с остротой темы и изобилием жестоких сцен (бандитские разборки, нападения скинхедов).В 2007 году издательство «Амфора» выпустило новеллизацию сериала — трёхтомник Виктора Мережко «Крот. Сага о криминале». В 2015 году трёхтомник был переиздан в серии «Милицейский детектив». 
