Во время Гражданской войны шестеро выживших сбегают из лагеря для военнопленных в Ричмонде, штат Вирджиния, на воздушном шаре и оказываются на неизведанном острове в Тихом океане: во главе группы стоит Сайрус Смит (Кайл Маклахлен). Далекий от какой-либо известной цивилизации, остров населён плотоядными гигантскими насекомыми и животными. На острове также обитают кровожадные пираты и безумный гений капитан Немо (Патрик Стюарт), который находится на острове для своих собственных тайных целей. Когда Смита спасает от утопления оставшийся член экипажа Немо, с Немо завязывается разговор о роли Смита в войне и о зверствах, совершённых Немо в молодые годы.
Остальная часть группы остаётся без капитана и становится вынуждена выживать без него. К сожалению, одного из членов группы съёдает гигантский богомол. Когда Хелен обнаруживает золотой медальон со странной картой, Немо пытается убедить Смита остаться в своей резиденции, но Смит отказывается оставить своих друзей на острове, убеждая Немо и Джозефа выследить и спасти остальных выживших от гигантский муравьёв, не зная, что капитан пиратов Боб Харви прибывает на остров в поисках потерянного сокровища, которое, как говорят, спрятано на острове.
Хотя Немо отказывается позволить команде уйти, выжившие обдумывают свой следующий шаг, исследуя комплекс. Не подозревая о находящихся на острове пиратах, выжившие говорят с Немо о его роли в индийском восстании, во время которого он рассказывает, что его жена и дочь были убиты британцами, чтобы попытаться найти его местонахождение. Немо сообщает, что планирует предотвратить войну, усовершенствовав абсолютное оружие, способное разрушить целый город, используя элемент, уникальный для этого острова, что сделает войну невозможной, поскольку последствия применения оружия станут слишком разрушительными. Немо предлагает Смиту возможность работать с ним, но Смит отклоняет предложение, чувствуя, что последствия раскрытия существования оружия будут слишком опасными, поскольку нет никакого способа быть уверенным, как другие отреагируют на решения Немо.
Во время блужданий по острову на героев нападают гигантские жуки, но им удаётся спастись, прыгнув в реку. Следуя по реке к океану, они находят старый порт и лодку, но лодка оказывается прогнившей и бесполезной. Впоследствии на героев нападает гигантский скорпион, который чуть не убивает Хелен, Джейн и Смита, прежде чем Пенкрофу удаётся убить его. .
Исследуя остров, выжившие, увидев, как незнакомец бежит по лесу, находят пещеру на скале, которую делают своим новым домом. Собирая еду, Хелен встречает Блейка — одного из пиратов, оставленных во время предыдущего рейда, — и вместе с ним укрывается от шторма в пещере выживших. Блейк он отклоняет предложение присоединиться к ним из-за своего прошлого, хотя и советует ей спрятать медальон. Позже Хелен попадает в плен к огромной птице, но её спасают Блейк и незнакомец. Блейк узнаёт в нём Атертона, бывшего члена команды Харви, брошенного после мятежа.
Пытаясь построить плот, они становятся свидетелями прибытия корабля Харви к их пещере, что побуждает Атертона показать, что он был выброшен, а не убит, потому что он брат Боба Харви. Хелен пытается найти и переместить золото для безопасного хранения, но е захватывают люди Харви, что побуждает Блейка предложить набег на корабль, чтобы спасти е. Спасение оказывается успешным – пиратов громят, а Пенкрофу удаётся украсть амулет, составляющий вторую половину карты медальона. В момент побега героев Блейка застреливают.
Вернувшись на берег, команда встречает Джозефа, который даёт героям многозарядные винтовки, чтобы использовать их против новой волны пиратов. Во время последующего боя выжившим удаётся отогнать пиратов, однако Джозеф погибает при попытке уйти. Вернувшись в дом Немо, Джозеф умоляет Немо понять, что ему нужны выжившие, чтобы напомнить ему, что значит быть человеком, отмечая, что они всё ещё невиновны, несмотря на разочарование Немо остальной частью человечества.
Разгневанный неповиновением выживших ему, Харви начинает стрелять из корабельных пушек по их пещере, разрушая плот, который выжившие пытались построить. Однако Немо погибает под пушечными выстрелами корабля, а Харви съедает гигантский кальмар. Когда остальные начинают работу над новым плотом, Пенкроф уходит, чтобы попытаться найти сокровище – ему нужны деньги, чтобы расплатиться с долгами в Америке, но пещера, где хранится сокровище, также является домом для гигантских пауков, которые убивают его, несмотря на попутку Наба спасти его.
Когда герои присутствуют на похоронах Пенкрофа, перед ними появляется на самом деле выживший Немо, показывая, что его оборудование обнаружило сейсмическую активность, которая предполагает, что вулкан на острове вот-вот извергнется и уничтожит всё вокруг. Хотя Немо и сообщает им местонахождение лодки, сам он пытается вернуть своё оборудование и планы с корабля «Наутилус», в результате чего оказывается в ловушке на «Наутилусе», поскольку поток лавы заполняет пещеру, где хранился корабль, оставляя оставшихся в живых отступить на предложенной лодке и надеяться, что они найдут дорогу домой.
