Человек-паук летит на своей паутине по Нью-Йорку. С каждого уличного телевизора вещает ведущий крупного издания Джей Джеймсон. Он требует, чтобы паука привлекли к ответственности за все его выходки на улицах города. Сам же паук реагирует на это скорее с юмором, сегодня у него много дел. Нужно купить пирог, не опоздать на уроки, а пока надо спасти полицейскую машину, которая потеряла управление. Герой связывает её своей паутиной, тем самым останавливая. Офицер благодарит паука за помощь, говоря, что по телевизору видимо, говорят выдумки. Оказывается, что данная ситуация была ловушкой, специально сделанной злодеем Трэпстером. Он обладает важной способностью – приклеивать своих врагов. Паук встречался с Трэпстером целых три раза, но всегда эти битвы заканчивались ничем. В этот раз пауку удаётся паутиной закрыть дуло автомата Трэпстера. Происходит взрыв, и всё оказывается в клее, злодей обездвижен. Это полная победа, Трэпстера можно сдавать в руки полиции.
Злодей напуган, но паучье чутьё почему-то молчит. Герой делает отступление и рассказывает, что у него есть специальная способность, которая позволяет предсказать опасность. Но в этот раз она молчит. Оказывается, что прилетел корабль супергеройской организации «Щ.И.Т». Её директор Ник Фьюри решает поговорить с человеком-пауком. Герой хвастается тем, что смог победить Трэпстера. Фьюри говорит, что видел успехи паука, но ему потребовалось целых три минуты, чтобы справиться со столько посредственным противником, тем более паук разрушил практически весь квартал. Ник предлагает пауку вступить в его организацию, это позволит встать в один ряд с такими славными супергероями как Капитан Америка и Железный человек. Они проходили обучение в «Щ.И.Т», и поначалу тоже допускали целую уйму ошибок. Фьюри дарит герою специальный метатель паутины, который позволяет улучшить свои характеристики.
Паук решает рассказать свою историю. Его настоящее имя – Питер Паркер. Он долгое время жил как среднестатистический подросток вместе со своей тётей Мэй и дядей Беном. Однажды его укусил паук, после этого у парня появились сверх-способности. Через некоторое время бандитами был убит Бен, а Питер поклялся бороться с преступностью. Несмотря на это паук отказывается от предложения Фьюри, потому что это будет очень сильно сковывать его свободу. Ник вздыхает, ему трудно работать с подростками.
Тем временем за человеком-пауком ведёт наблюдение директор лаборатории Норман Озборн. Он хочет с помощью доктора Осьминога и его подручных злодеев получить полную информацию о человеке- пауке. Это позволит создать его клонов-роботов и продавать их правительству.
Питер Паркер приезжает в школу на занятия. Он рассказывает о своих школьных буднях. У него есть подруга Мэри Джейн, с девушкой Питер знаком с самого раннего детства. В двенадцать лет они попытались начать отношения, ничего не получилось, и пара осталась друзьями. Мэри увлечена журналистикой, она хочет работать с Джей Джеймсоном, а вот Питер относится к этому редактору с большим недоверием. Паркер дружит с Гарри Озборном. Парень родился и вырос в очень богатой семье, но при этом не сторонится своего одноклассника. Однажды, ещё в детстве, у Питера сломался велосипед и начался дождь. Мокрый Паркер пытался починить своего «железного коня». Рядом проезжал на лимузине Озборн вместе со своим отцом. Они довезли парня до дома. По дороге Гарри пожаловался на Нормана, говоря, что тот слишком активно контролирует его жизнь. Питер отметил, что заботливый отец – это классно. Норман даже улыбнулся, хотя бизнесмен обычно крайне суров. В школе Питеру не нравится только Флеш Томсон, одноклассник, который ещё с начальной школы задирал парня и часто закрывал его в шкафчике. Теперь же это продолжается, Паркер хочет в обличии человека-паука наказать задиру, но понимает, что не должен этого делать из-за большой ответственности.
На большой перемене Питер вместе с Гарри отправляются в столовую. Здесь они получают порцию еды и садятся за стол. Паучью чутьё почему-то начинает очень активно работать. Буквально через мгновенье стена рушится, а в столовую залетают три злодея вместе с директором, которого они сразу же бросают на землю. Злодеи представляются «Ужасной четверкой». Питер их всех знает. Чародей умеет силой мысли поднимать предметы в воздух. Кло, который излучает волны, способные сводить человека с ума и Тандра – жестокая воительница. Так же в их команду входил Трэпстер, но сейчас он арестован. Они знают, что в этой школе учится человек-паук, злодеи требуют от школьников выдать его, иначе пострадают все. Пауком могут быть как ученики, так и учителя. Паркер пользуется заминкой и кидает в злодеев тарелку с едой. Его примеру следуют и остальные учащиеся, завязывается настоящая драка. Питеру удаётся скрыться, для того, чтобы переодеться в костюм человека-паука. Он понимает, что во время борьбы с Трэпстером к нему прилип жучок, что позволило отследить местоположение.
Паук возвращается в школу и начинает противостояние с «Ужасной четверкой». Силы не равны, поэтому ситуация часто становится патовой. Мэри пытается снимать происходящее, чтобы затем сделать журналистскую заметку. Кло замечает это и волной выбивает телефон из рук девушки. За неё вступается Гарри, но его отбрасывает к стенке, парень ударяется головой. Это приводит паука в ярость. Он связывает паутиной излучатели Кло, тем самым выводя его из боя. Чародей пытается защитить себя, создав живой заслон из школьников, но паук атакует сзади, тем самым так же обездвиживая злодея. С Тандрой завязывается рукопашный бой, но пауку удаётся измотать воительницу, она поскальзывается на желе и падает. Чародей понимает, что нужно отступать, он звонит Озборна и просит разрешения на уничтожения свидетелей. Норман же осознаёт, что в школе находится его сын, поэтому приказывает просто улетать. Паук выходит в коридор, его встречает Томсон, который горит желанием помочь своему кумиру. Герой просит Флеша залезть в шкафчик, и выйти из него только после команды, чтобы «окружить противников».
Питер снимает свой костюм, теперь он обычный школьник. Гарри серьёзно ранен, он потерял сознание и его скоро доставят в реанимацию. Норман быстро приезжает в школу. Паркер просит прощение за то, что не смог спасти своего друга. Озборн говорит, что не стоит извинений, это было не в силах обычного подростка. Паркер выходит в коридор, где всё это время в шкафчике сидит Флеш, герою нравится, что он отомстил обидчику.
Практически весь город смотрит новости от Джея Джемсона. Мужчина снова выставляет человека-паука в невыгодном свете. По его мнению, герой сам виноват в разрушении школы, если бы паука не было в городе, то и «Ужасная четверка» не совершила бы такую атаку.
Питер отправляется домой, где его уже ждёт тетя Мэй. Паркер отзывается о своей родственнице очень тепло. Несмотря на зрелый возраст, она не сидит дома, а постоянно прибывает в различных активностях. Так, после работы она ходит на кулинарные курсы, на йогу, а в некоторые дни даже играет в боулинг, где достигает немалых высот. Паркер решает навестить своего друга в больнице. Гарри уже отключили от всех датчиков, он стремительно идёт на поправку. Питер даже принёс ему пару учебников, чтобы парень не отставал от школьной программы. Своего сына навещает и Норман. Он интересуется у Паркера, видел ли он когда-нибудь в школе человека-паука. Герой отшучивается, что, возможно, паук – это один из преподавателей испанского языка. Но Озборну не до шуток, он пропускает колкость мимо ушей.
Вечером Питер наконец-то возвращается домой. Тётя просит парня зажечь свечи на пироге, который так любил Бен. Парень понимает, что не купил угощение. Мэй спокойно к этому относится, ведь сегодня у парня был очень сложный день, на его школу напали, поэтому из головы могли пропасть все повседневные мелочи. А вот самого Питера это очень задевает, он закрывается в комнате. Образ человека-паука из зеркала начинает ругать парня. От его действий страдают самые близкие: Мэй, Гарри и Джейн. А паук не может их защитить. Что уж говорить, если он даже не в состоянии купить пирог. Как же он тогда собрался стать великим? Питер решает принять предложение Фьюри.
Герой с помощью своей паутины отталкивается от зданий, чтобы затем притянутся к кораблю «Щ.И.Та». Питеру не хватает дальности полёта, и он начинает падать. Приходится применить подарок Фьюри, с помощью которого удаётся попасть на корпус корабля. Однако система защиты воспринимает паука как нарушителя, поэтому приводит в действие турели. Питер активно уклоняется, уничтожает некоторые с помощью паутины, но в итоге попадает в ловушку. На него направлены несколько десятков лазеров. В этот момент появляется Фьюри, который отключает систему безопасности. Мужчина рад, что герой принял его предложение.
