С самого начала, а также время от времени в течение всего фильма, показывается девятилетний мальчик по имени Эрик (Зак Миллс) с книгой, с помощью которой и ведётся все повествование.
Эксцентричный 243-летний старик - мистер Магориум (Дастин Хоффман; по сюжету, он родился в 1764 году) владеет и управляет волшебным магазином игрушек. Игрушки живые, они двигаются сами по себе. Также в этом магазине есть дверь с кнопкой, при помощи которой можно менять то, что за ней находится, включая лестницу со ступеньками, комнату с железной дорогой и комнату с шарами. Менеджером магазина Магориума является юная девушка Молли Махоуни (Натали Портман). Она подающая надежды пианистка.Девушка планирует уволиться из магазина и начать карьеру музыканта.
Перед зрителем предстаёт сцена того, как Молли подходит к магазину, где она встречает мальчишку Эрика, который пытается достать свою шляпу с флагштока. В тоже самое время Магориум даёт Махоуни деревянный куб, который называется «Спичечный Кубик» - специальный магический прибор.
В один из дней господин Магориум заявляет, что хотя он ничем не болен, пришло его время «уйти на покой», и в качестве сюрприза он отдаёт магазин во владение Молли. Та ничего не понимает, но Эрик объясняет ей, что тот, кажется, имеет в виду то, что он вскоре отправится на небеса. Девушка убеждает старика Магориума остаться и бороться с неуверенностью в себе.
В качестве подготовки к своему «отбытию на небеса», Магориум нанимает бухгалтера Генри Вестона (Джейсон Бэйтман), которого он зовёт «мутантом», чтобы тот разобрался с так нелюбимой им бумажной волокитой и прочими бухгалтерскими делами, связанными с его лавкой. Один из детей какое-то время пристально смотрит на этого бухгалтера, а затем отдавливает ему ногу. Махоуни не нравится отсутствие чувства юмора у Вестона и его неверие в волшебное начало магазина. Сам же магазин, понимая, что его хозяин собирается покинуть его, становиться блеклым, «очень расстраивается» и начинает вести себя не как подобает, из-за чего многим покупателям приходиться покинуть его стены. Лавка теряет своих клиентов.
Мальчишка Эрик просится поиграть в магазине. У него нет друзей среди людей, вместо этого он часто играет с животными. Мать Эрика помогает ему найти друга. Эрик по-дружески помогает Вестону и показывает ему свою коллекцию шляп в своей комнате. Мать Эрика, которой об этом не сообщили, чувствует себя из-за этого неудобно, и Вестон уходит. Тем не менее, Эрик и Вестон всё ещё остаются друзьями.
Обеспокоенная идеей Магориума «уйти в мир иной», Махоуни спешит в больницу, где доктора подтверждают, что старику требуется обследование, поскольку, упоминая о своём возрасте, он, по их словам - бредит. Эрик украшает больничную палату звёздами и приносит Могориуму пижаму и эуфониум (музыкальный инструмент). На следующий день старик выписывается, так как доктора не могут держать его, потому что он ничем не болен, и кроме того, он громко играет на эуфониуме на всю больницу.
Магориум и Махоуни вместе радуются возвращению хозяина лавки, но Магориум всё равно не меняет своего решения «уйти». Они направляются обратно в магазин, откуда Молли в конечном итоге уходит в слезах. Магориум бросает свой последний бумажный самолётик и, когда самолётик облетает комнату вокруг, по завершению полёта, умиротворённо умирает. Затем мы видим Молли и Эрика, находящимися на похоронах Магориума.
Махоуни выставляет магазин на продажу, потому что не представляет, как может его содержать. Эрик очень сожалеет об этом решении, и обращается к Вестону с «деловым предложением». Эрик хочет вложить его сбережения и карманные деньги в сохранение и дальнейшее развитие магазина. Вестон видит, как «Спичечный Кубик» двигается сам по себе, и убеждается, что магазин — волшебный. Эрик и Вестон убеждают Махоуни поверить не в магазин, а в себя. Сам же магазин, который был подавлен смертью Магориума и предстоящей продажей (из-за чего и пропало всё его волшебство) приходит в восторг, и всё его волшебство возвращается само собой.
