Газеты США пестрят заголовками о заговоре темного мага Грин-де-Вальда. 1926 год. В Нью-Йорк приплывает британский маг-зоолог Ньют Саламандер, он работает над учебником, по которому спустя 70 лет будет учиться Гарри Поттер. В городе участились случаи необъяснимых явлений, по улицам то и дело проносится разрушительный темный вихрь. Возле здания банка Саламандер становится свидетелем митинга, проводимого активистами радикальной организации «Новый Салем». Фанатичка Мэри Лу призывает жителей Нью-Йорка к охоте на ведьм. Из чемодана Ньюта, привлеченный блеском монетки, брошенной нищему, выбирается нюхль – зверек, похожий на покрытого черным мехом утконоса. Нюхль проникает в банк, шныряет по сумкам посетителей. Саламандер незаметно для окружающих пытается поймать юркого зверька. Тот уже пробрался в банковское хранилище. С помощью волшебной палочки британский маг открывает двери сейфа. Рабочий консервного завода, эмигрант Якоб Ковальски, которому только что отказали в получении кредита на открытие собственной булочной (ему нечем его обеспечить), видит это. Срабатывает сигнализация, сбегается охрана банка. Саламандер вынужден снова применить магию. Ковальски поражен и напуган, он спешно удаляется, Саламандер не успевает произнести над не-магом заклинание забвения. За грубое нарушение закона магического правопорядка британца задерживает сотрудница американской магической спецслужбы Тина Голдштейн. Она доставляет задержанного в департамент магии. Голдштейн некоторое время назад была исключена из рядов мракоборцев за нападение на не-мага, начальство крайне недовольно ее методами работы. Президент магического Конгресса США госпожа Пиквори озабочена обострившейся обстановкой, она опасается, что между магами и не-магами будет развязана война. Разбираться с мелким инцидентом она поручает одному из своих приближенных, господину Грэйвсу. Тот требует от Саламандера предъявить нюхля, по вине которого он совершил противоправный поступок. Ньют открывает чемодан, там оказываются булочки и плюшки – в банке Ковальски и Саламандер случайно перепутали чемоданы.
Придя домой, Ковальски грустит, что не может осуществить свою мечту. В это время из чемодана вылезает горегубка – существо размером с морскую свинку, только без меха и с напоминающим анемону отростком на спине. Горегубка мечется по комнате, а потом кусает Ковальски в шею. На улицах дети раздают листовки с призывами вступать в армию Новых Салемцев. Мэри Лу содержит сиротский приют, усыновленных детей она принуждает к беспрекословному подчинению, внушает им идеи уничтожения магов. Тина и Ньют обнаруживают дом, где находится квартирка Ковальски, поврежденным. Официальная версия – взрыв газа. Ковальски после укуса горегубки нуждается в лечении. Тина приводит мужчин к себе домой, пренебрегая запретом на общение магов с не-магами. Ее сестра Куини – леглемент, она умеет читать мысли. Якоб очарован этой эффектной и кокетливой девушкой, которая обожает готовить.
Персиваль Грэйвс тайно встречается с Криденсом – старшим из приюта Мэри Лу юношей. Мракоборец использует его, чтобы найти ребенка лет 10, обладающего определенными способностями. После ужина с сестрами Голдштейн Ньют и Якоб остаются ночевать в их доме. Саламандер приглашает Ковальски внутрь своего чемодана, где скрыт целый магический мир. Он лечит укус горегубки ядом пикирующего злыдня (нечто среднее между рептилией и гигантской бабочкой). Потом маг-зоолог знакомит гостя с другими обитателями своего фантастического зверинца. В Америку Ньют приехал ради того, чтобы вернуть на родину, в Аризону, гром-птицу Фрэнка, это величественное крылатое создание зоолог спас из лап египетских контрабандистов. Угроб – огромное плотоядное животное, обнаруженное им в горных районах Европы. Существует лишь одна способная дать потомство пара, которая теперь находится под присмотром Ньюта и уже произвела на свет одного детеныша. Их серо-фиолетовая шкура прочнее, чем драконья, они ходят на четырех лапах, имеют горбатые спины и два очень длинных и острых рога. Маленькую лечурку сложно обнаружить в ее естественной среде обитания, она легко маскируется в листве. Ростом около 20 сантиметров, лечурка будто состоит из побегов растений с корнями, крошечными покрытыми листвой веточками и двумя карими глазками. У Ньюта таких существ как минимум шесть. Любимчик по имени Пикетт обитает у зоолога за лацканом пиджака. Лечурки питаются насекомыми, миролюбивы и крайне застенчивы. Окками – пернатое, крылатое существо со змеиным телом. Детеныши вылупляются из яиц, серебряная скорлупа которых стоит целое состояние. Саламандер заботливо ухаживает за своими питомцами, многие из которых близки к исчезновению. Якоб приоткрывает еще одну магическую завесу и среди заснеженного пейзажа наблюдает зловещий черный сгусток. Ньют приказывает не-магу не приближаться к обскуру, он очень опасен. Саламандер обнаруживает, что еще один его питомец сбежал. Он спрашивает у Ковальски, куда в Нью-Йорке может отправиться зверь, который любит пастись на лужайках. Такое место – Центральный парк.
Якоб ведет Ньюта по ночным улицам Нью-Йорка. В витрине ювелирного магазина они замечают нюхля. Ньют пытается поймать воришку и вытряхнуть из его бездонной сумки на животе все драгоценности, в результате получается целый погром, приезжает полиция. Волшебная палочка помогает зоологу восстановить все разрушения и вместе со своим помощником скрыться с места происшествия. В центральном парке Ньют выдает Якобу шлем и бронежилет. У сбежавшей самки сносорога течка, когда ей нужен самец, она становится агрессивной. Сносорожиху удается привлечь запахом мускуса и громким топаньем. Якоб чуть было не пострадал, но к счастью, светящийся рог зверя вонзается в дерево, которое тут же разносит взрывом. Волшебную палочку мага крадет обезьяна, Ньюту удается ее отобрать и водворить самку сносорога обратно в чемодан.
В городе полным ходом идет предвыборная кампания. Сын газетного магната Генри Шоу-младший баллотируется на пост сенатора. Он произносит речь, когда в зале, где происходит торжественный прием, раздается загадочный шум, потом гаснет свет. Проносится темный вихрь, оратор погибает. В зале начинается паника, люди кричат: ведьмы! Тина Голдштейн прерывает экстренное международное совещание магов. Она докладывает госпоже президенту, что британец со своим незаконно ввезенным в страну волшебным зверинцем стал причиной беспорядков. Саламандер и Ковальски появляются из чемодана. Маг-зоолог оправдывается перед высокопоставленными коллегами. В это время поступает информация, что убит будущий сенатор. На голограмме тела погибшего отчетливо видны отметины, характерные для жертв обскура. Госпожа Пиквори разгневана, этих сущностей не было в Америке уже сотни лет. Она приказывает Грейвсу конфисковать чемодан британца, а Голдштейн, Саламандера и Ковальски запереть в камере. Ньют объясняет Якобу, что обскуры – это неконтролируемая темная сила. Если долгое время подавлять в себе магические способности, гнев может вырваться наружу. Дети-обскурии не живут больше 10 лет, поэтому существует вероятность, что убийство совершил ребенок.
Грейвс допрашивает Саламандера. Тот обвиняется в планировании массовых убийств не-магов, с целью установить на планете господство магов, которые сегодня вынуждены находиться на нелегальном положении. Саламандер отрицает свою приверженность идеям Грин-де-Вальда. Приговор, вынесенный Ньюту Саламандеру и Тине Голдштейн суров: смертная казнь за измену и предательство коллег. Секретарша департамента магов Куини, используя свою способность читать мысли, крадет из кабинета Грейвса чемодан Ньюта, прячет туда сначала Якоба, к которому испытывает симпатию, а потом устраивает побег своей сестре и британскому магу до того, как приговор успевают привести в исполнение. В пелене смерти, куда почти погрузилась Тина, Куини заметила юношу, из-за которого сестра была отстранена от работы. Тина пыталась защитить Криденса от его приемной матери, та его регулярно избивала.
Чтобы отыскать пропавшего камуфлори (невидимое существо, способное принимать различные образы) беглецы посещают подпольный бар, который содержит информатор магических спецслужб эльф Кнарлок. За сведения тот требует у Ньюта отдать ему Пикетта (личурки могут открывать любые замки). Кнарлок говорит, что камуфлори стоит искать в универмаге. В подпольном заведении начинается облава, Ньюту, Якобу и сестрам Голдштейн удается сбежать.
Мэри Лу находит у своих приемных детей, Криденса и Модести, волшебную палочку. Фанатичка достает ремень, чтобы наказать непокорного пасынка, Модести кричит, что это ее палочка. Налетает темный вихрь, обскур убивает Мэри Лу. Саламандер пытается поймать своего камуфлори, это создание умеет предсказывать будущее. Сейчас угроза исходит от окками, этот экземпляр уже достиг угрожающих размеров и продолжает увеличиваться. С помощью таракана друзьям удается заманить его в чайник. Окками – хоранаптиксы, они могут подстраивать свое тело под имеющееся пространство. Гром-птица чувствует опасность, Фрэнк вылетает из чемодана, Ньют понимает, что может произойти нечто ужасное.
Грейвс обнаруживает тело Мэри Лу. Он спрашивает плачущего Криденса, куда делся обскур, и где его сводная сестра. Вместе они отправляются в дом, где жила семья Модести, пока ее настоящая мать не стала жертвой охотников на ведьм. Грейвс решает, что для осуществления своих коварных планов, ему нужна Модести, а Криденс теперь бесполезен. Юноша считает предательством слова Грейвса об отсутствии у него магических способностей. Его гнев вырывается наружу, Криденс больше не желает контролировать магию, сокрушительной силы обскур проносится по городу, сметая все на своем пути. Криденс – уникальный обскурий, ему больше 10 лет, мощь его темной силы очень велика.
Саламандер утверждает, что в состоянии помочь Криденсу избавиться от обскура, однажды он уже спас одну девочку, обскур которой теперь обитает у него в чемодане. Решающая схватка происходит на пустой станции метро, куда прибывает также наряд спецслужб во главе с президентом Пиквори. Грейвс пытается помешать уничтожению обскура, он хочет использовать его в своих интересах. Во время сражения Грейвз принимает свой истинный облик, это темный маг Грин-де-Вальд. В схватке побеждают силы правопорядка, президент Пиквори благодарит Саламандера за оказанную помощь. Однако маги серьезно озабочены нарушением режима секретности, город в руинах, наложить заклинание забвения на всех не-магов Нью-Йорка невозможно. Ньют спасает положение. Он вручает Фрэнку пузырек с ядом пикирующего злыдня, который обладает амнезирующим эффектом. Огромная птица-гром улетает в небо, вызывает бурю. Разразившийся над городом ливень сотрет из памяти всех его жителей воспоминания о событиях минувшей ночи. Маги приводят в порядок все поврежденные сооружения. Ньют и сестры Голдштейн тепло прощаются со своим другом Якобом. Куини признается ему в любви, но она не может быть вместе с не-магом. Ковальски выходит под дождь и все забывает.
Утром Ковальски отправляется на консервный завод. Возле проходной к нему подходит незнакомец (Ньют Саламандер) и вручает чемодан, в котором Якоб обнаруживает серебряные скорлупки (от яиц окками) и записку, что этим он сможет обеспечить кредит на открытие булочной. Тина провожает Ньюта, отбывающего пароходом на родину. Девушка желает зоологу успехов в написании учебника, просит прислать ей готовый экземпляр. Они испытывают взаимную симпатию. Ньют обещает вручить Тине книгу лично. Через некоторое время в булочной Ковальски, бизнес которого процветает, хозяин не может объяснить покупателям, откуда он берет идеи выпекать булочки в виде фантастических существ. Однажды к нему приходит красивая девушка, которая кажется Якобу смутно знакомой. Куинси улыбается, а булочник смущенно почесывает шрам на шее.
