Основное действие происходит в военном лагере в Испании 1944 года, куда приезжает девочка Офелия вместе со своей беременной мамой. Командует здесь капитан Видаль - глава фашистского отряда, задача которого - ликвидировать группу повстанцев, борющихся с диктатурой. Он также приходится отчимом Офелии. Этот человек жесток и беспощаден.
В день приезда девочка знакомится с Мерседес, домработницей, а затем обнаруживает вблизи лагеря руины старинного лабиринта. Ночью начинает происходить волшебство: к Офелии прилетает фея и приводит девочку в центр лабиринта. Здесь Офелия знакомится с Фавном - древним существом, которое сообщает ей, что она на самом деле является принцессой из волшебной страны и что это её последнее рождение в данной реальности. У принцессы есть шанс вернуться к своему королю-отцу, однако прежде она должна протий испытания.
Первое испытание - спасти смоковницу от огромной жабы, которая поселилась в её корнях и губит её. Девочка проходит его и в результате получает ключ, о предназначении которого она узнаёт, приступив к выполнению второго испытания. Оно требует, чтобы Офелия проникла в подземелье, которое находится между мирами, и открыла тайник.
Однако внезапно матери Офелии становится плохо: у неё начинается сильное кровотечение. Поэтому девочка не смогла приступить к выполнению второго задания. Узнав об этом, Фавн даёт ей корень мандрагоры, который должен излечить её мать, а также волшебный мел, способный открыть потаённую дверь. Фавн предупреждает Офелию, что в подземелье живёт страшное существо и что та не должна прикасаться к яствам и напиткам, которые она встретит там.
Офелия пробирается в подземелье и находит в тайнике золотой кинжал, однако, вопреки запрету Фавна, уходя, съедает несколько виноградин со стола. Монстр (Бледный человек), сидевший до этого неподвижно, начинает преследовать девочку, убивает двух фей из трёх, однако самой Офелии удаётся спастись. Впрочем, задание провалено, и Фавн уходит.
В это время капитан Видаль узнаёт, что Мерседес помогает повстанцам, а у его жены Кармен, матери Офелии, начинаются преждевременные роды. Ребёнок остался жив, а вот сама женщина умирает. И тут к Офелии снова приходит Фавн и даёт ей последний шанс выполнить последнее, третье задание. Но каким оно будет?
