Идея снять продолжение «Д’Артаньяна и трёх мушкетёров» родилась в головах у создателей картины в то время, когда Михаил Боярский, Вениамин Смехов, Валентин Смирнитский и Игорь Старыгин достигли возрастов своих героев в романе Александра Дюма «Двадцать лет спустя».Съёмки фильмов «Мушкетёры двадцать лет спустя» и «Тайна королевы Анны, или Мушкетёры тридцать лет спустя» велись одновременно, это был один большой проект на шесть серий. По воспоминаниям Игоря Старыгина: «Продолжение сериала было снято по настоянию Боярского. Он буквально замучил уговорами режиссёра Георгия Юнгвальда-Хилькевича. Тот очень долго раскачивался, но потом всё же снял. Правда, в полсилы, уже без того энтузиазма, который был на первом фильме. И потому “20 лет спустя” оказались, по сути, провальными. А ведь параллельно с этой лентой мы снимали и третий фильм — “Тайна королевы Анны” по мотивам романа “Виконт де Бражелон”. Путаница была страшная. Утром мы готовились к одному фильму, после обеда — к другому, и порой забывали, кого же мы в данный момент играем. И всё же “Тайна королевы Анны” получилась получше, чем “20 лет спустя”».Приступив к съёмкам фильма «Мушкетёры двадцать лет спустя», Георгий Юнгвальд-Хилькевич долго искал актёра на роль кардинала Мазарини. Тогда Михаил Козаков познакомил его с Анатолием Равиковичем. Об этом в одном из интервью рассказал сам режиссёр: «Мне нужен был актёр на роль кардинала Мазарини. Поделился этой проблемой с Мишей Козаковым, и он воскликнул: „Что же ты ищешь, ведь всё предельно просто! Мазарини — это Толя Равикович!“ Толя действительно был вылитый кардинал, особенно в длинной красной мантии, расшитой золотом. Я тут же позвонил Равиковичу, представился и пригласил на съёмки. Собственно, проб у нас и не было. Толя был сразу утверждён в картину».Первоначально Виктор Авилов был очень недоволен ролью Мордаунта. Ему не хотелось играть однозначно беспощадного и фанатичного убийцу, он хотел показать в своём герое какие-то человеческие черты. А для режиссёра Мордаунт являлся олицетворением зла. По его мнению, в противном случае мушкетёры выглядели бы глупо, раз вчетвером хотели убить одного-единственного человека. Сам Авилов рассказывал об этой работе так: «Мне не нравилось, что режиссёр заставил играть то, что мне не по душе. Хотя, когда мы разговаривали перед съёмкой с Юнгвальдом-Хилькевичем, он мне сказал: „Витя, ты пойми, четыре здоровых козла убили твою мать. Как ты должен к ним относиться! Ну как?! С твоей стороны это благородный поступок, особенно в те годы, — отомстить за убийство матери“. Вот и всё его оправдание. Методы убийства — это уже второй вопрос. Люди не понимают и говорят: „Ух, Мордаунт!“».На съёмочной площадке долго шла полемика о том, как же Атос убьёт Мордаунта. Было решено, что положительному герою не стоит просто так пригвоздить его кинжалом, поэтому при участии постановщика трюков Владимира Балона была придумана сцена засады на мельнице, когда Мордаунт похищает виконта де Бражелона, а мушкетёрам приходится его спасать. Поскольку на протяжении всего съёмочного периода возникали проблемы с финансированием и отсутствием нужного количества киноплёнки, Балон выстроил всю драку на фоне раскачивающихся мешков с мукой, чтобы прикрыть и сгладить возможные огрехи и недостатки. Сам Балон, исполнивший роль де Жюссака, вспоминал о съёмках этой сцены: «Была такая задумка, что Атос стреляет в Мордаунта, а тот прикрывается мной и пуля попадает в меня. Я смотрю в глаза Атосу и говорю: „А этот — мой!“ — потом резко разворачиваюсь, колю шпагой Мордаунта и падаю замертво. Беда в том, что нам не хватило плёнки. Если бы у нас была плёнка, то отдельно крупным планом был бы снят взгляд, отдельно выстрел... И было бы всё понятно. А так многие зрители не понимают, что произошло и почему один уколол другого. По сей день это кроссворд для зрителя».Во время съёмок фильма «Мушкетёры двадцать лет спустя» Георгий Юнгвальд-Хилькевич был вынужден срочно уехать лечиться в Америку и Михаил Боярский, некоторое время замещая его, снял несколько эпизодов в этой картине как режиссёр.Съёмочную группу дважды обворовывали, украв весь реквизит. Директору картины Олегу Ботогову пришлось договориться с начальством местной колонии, и заключённые в короткие сроки восстановили весь реквизит по фотографиям.В самом начале съёмок Михаил Боярский неудачно упал с лошади и сломал руку. Поэтому значительную часть съёмочного периода он провёл в гипсе, в перчатке на левой руке.Первоначально музыку к фильму должен был писать Александр Градский. Георгий Юнгвальд-Хилькевич рассказывает об этом в своей книге «За кадром»: «В качестве гонорара Градский получил восемьдесят тысяч. По тем временам сумму огромную. За всю музыку к обоим фильмам — „Мушкетёры двадцать лет спустя“ и „Тайна королевы Анны, или Мушкетёры тридцать лет спустя“. Но он не дал ни одной ноты. И администрация картины потребовала от него вернуть деньги. Но не тут-то было. Ни музыки, ни денег. А весь сыр-бор разгорелся из-за того, что я хотел, чтобы рефреном „Пора-пора-порадуемся…“ звучало. Градскому не понравилось, что помимо его собственных песен, в картине будет звучать песня другого композитора. И тогда я в последний момент снова обратился к Максиму Дунаевскому. Хотя понимал, что Макс такую же музыку, как к „Трём мушкетёрам“, сделать уже не сможет. Макс написал хорошие песни и почти бесплатно: в качестве гонорара дирекция фильма вручила ему „Москвич-2141“. Очень жаль, но музыка к „Двадцать лет спустя“ всё же событием не стала».Во время съёмок фильма «Мушкетёры двадцать лет спустя» Михаил Боярский параллельно снимался на киностудии «Ленфильм» в музыкальной картине Яна Фрида «Тартюф».Изначально предполагалось, что все песни в фильме будет исполнять Михаил Боярский. Но Боярский не успел их записать, так как уехал на Дальний Восток, где у него были длительные гастроли, на которых он сорвал голос и у него были проблемы со связками. По этой причине у Георгия Юнгвальд-Хилькевича родился такой режиссёрский ход, что песни в фильме должен исполнять один-единственный певец за кадром. По рекомендации поэта Леонида Дербенёва в качестве исполнителя песен был выбран певец Игорь Наджиев. Данное обстоятельство послужило одной из причин, по которой между режиссёром и исполнителями ролей мушкетёров к концу съёмок проектов «Мушкетёры двадцать лет спустя» и «Тайна королевы Анны, или Мушкетёры тридцать лет спустя» сильно испортились отношения и они несколько лет не общались.На съёмках картины Игорь Старыгин сильно злоупотреблял алкоголем. По словам режиссёра, в одной из сцен он совсем не мог стоять, его поддерживать приходилось: ассистент ложился на пол и шваброй его спину подпирал. Об этом подробно рассказал сам Георгий Юнгвальд-Хилькевич: «На „Мушкетёрах двадцать лет спустя“ у нас с Игорем дикие конфликты были. Старыгин перед сложнейшим эпизодом с лошадьми совсем никакой лежал в гостиничном номере. Финал картины, а Игоря нет, всё пришлось снять с дублёром. Я распорядился отправить его в Москву. А Старыгин, горемыка, когда за ним пришли ассистенты, схватил вешалку-стойку в номере гостиницы и заявил, что она его единственный друг и без неё он никуда не полетит. Игорь был тоненький, но сильный, так с этой вешалкой в обнимку его в самолёт и посадили, с ней он домой и улетел».На роль Луизы де Лавальер вначале была приглашена Екатерина Стриженова, но затем Георгий Юнгвальд-Хилькевич предложил ей роль Мадлен, которую должна была играть другая актриса. Против кандидатуры Стриженовой выступал Михаил Боярский, так как видел её впервые и относился к ней как к партнёрше, которую ему навязали.Из воспоминаний Ольги Кабо, исполнительницы роли герцогини де Шеврез: «Я приехала на съёмки, но ещё не была близко знакома ни с режиссёром, ни с актёрами, поскольку до этого у меня были только кинопробы. А когда объявили перерыв на обед, я увидела пасущихся неподалёку лошадей, на которых только что скакали мушкетёры. А я была страстной наездницей (и до сих пор ей остаюсь), быстро познакомилась с каскадёрами и упросила их дать мне покататься верхом. Сев на лошадь, я обо всём забыла, галопом помчалась, куда глаза глядят. Когда Хилькевич это увидел, он закричал в рупор: „Артистка Кабо, что вы делаете? Вы нарушаете правила безопасности, срочно вернитесь на съёмочную площадку!“. Был ужасный скандал. Меня серьёзно ругали, потому что на режиссёре и на съёмочной группе лежала ответственность за то, чтобы все актёры были здоровы и не с переломанными конечностями. Однако Георгий Эмильевич отметил для себя, что я хорошо держусь в седле, поэтому он тут же внёс изменения в сценарий и заново переписал ту сцену, в которой мы должны были играть с Игорем Старыгиным: я к нему стучусь, а он мне открывает дверь. Теперь мы с Арамисом верхом подъезжали к окну, по верёвочной лестнице поднимались наверх, а дальше уже шёл наш основной диалог».Во время съёмок фильма часто возникали проблемы с финансированием. Сначала деньги приходили из Москвы (съёмки финансировало телевидение), а когда они кончились, поиск оставшихся сумм лежал уже на режиссёре и продюсере (Олеге Ботогове). По этой причине съёмочный процесс довольно часто прерывался на неопределённое время, а проект растянулся на десять месяцев.Михаил Боярский и Валентин Смирнитский захотели максимально расширить свои роли и уговорили режиссёра включить в сценарий из романа Дюма философские диалоги д`Артаньяна и Портоса, что привело картину к некоторой затянутости.Съёмки фильма начались летом 1990 года и проходили в Таллине, Ленинграде,Одессе, Нарве, Ивангороде, Белгороде-Днестровском, Ялте, Петергофе, Павловске.Тронный зал в Большом Петергофском дворце — первая встреча д’Артаньяна и Портоса. «Эрмитаж» (павильон в ансамбле Нижнего парка в Петергофе) — ужин д’Артаньяна и Портоса.В монастыре Святой Бригитты в Таллине были сняты сцены: «Встреча Атоса, Портоса, Арамиса и д’Артаньяна на Королевской площади после ночной погони за герцогом де Бофором» (2-я серия), «Сцена дуэли Атоса и Арамиса с де Жюссаком и Фламараном на Монастырском кладбище» (4-я серия).В замке Глена в районе Таллина проходили натурные съёмки поместья Портоса, когда к нему приехал д’Артаньян.В замке Вазалемма на севере Эстонии снимали натурные сцены в поместье Атоса — замке Бражелон (1-я и 4-я серии). Парк в поместье Атоса снимался в Верхнем саду Петергофа, а внутренние интерьеры его замка — во дворце Марли.Секретарская комната в Большом Петергофском дворце — «Встреча Мордаунта и лорда Винтера» (2-я серия).Башня «Толстая Маргарита» в Таллине — «Побег герцога де Бофора из Венсеннского замка» (2-я серия).В интерьерах Одесского академического театра оперы и балета была снята сцена на лестнице с кардиналом Мазарини, Ла Шене и де Жюссаком (1-я серия), а также д’Артаньян спускался по этой лестнице, когда выходил из покоев королевы (4-я серия).На лестнице во Владимирском дворце Ленинграда была снята «Встреча д’Артаньяна и де Жюссака» (4-я серия).Шереметьевский дворец в Ленинграде — в фильме «дворец герцогини де Шеврёз».Во дворце Белосельских-Белозерских были отсняты «интерьеры дворца Пале-Рояль» — сцены «Мазарини в мушкетёрском костюме на лестнице перед зеркалом» (1-я серия), «Арест Атоса после встречи с королевой и Мазарини» (4-я серия), «Примирение д’Артаньяна и Мазарини» (4-я серия).Выборгский замок — натурные съёмки «Венсеннской тюрьмы». А вот сцены «В оранжерее Венсеннского замка», где Портос и д’Артаньян захватывают в плен Мазарини, снимались в оранжерее Таврического сада в Ленинграде.В Ялте снимались сцены «На корабле».Дубовый кабинет Петра I в Большом Петергофском дворце — «Арестованный Карл I наблюдает за возведением помоста для собственной казни из окна», «Встреча арестованного Карла I и Арамиса» (3-я серия). «Сцена казни Карла I» снималась 13 октября 1990 года около Большого Петергофского дворца.Куропаточная гостиная Большого Петергофского дворца — «Встреча д’Артаньяна и королевы Анны Австрийской» (4-я серия).«Рабочий кабинет кардинала Мазарини» (с камином и вращающимся глобусом), интерьер гостиницы «Козочка», трюм на корабле, апартаменты Арамиса снимались в павильонах Одесской киностудии.Несколько сцен фильма были отсняты на улице Ратаскаэву в Таллине. В частности там снималась сцена расставания друзей-мушкетёров в конце четвёртой серии, когда они договариваются встретиться ещё через десять лет.Финальные кадры фильма: проезд мушкетёров на лошадях под песню «Пора-пора-порадуемся…» снимался на улице Пикк-Ялг в Таллине. 
