Джон родился в Мордиаллоке (пригород Мельбурна, Австралия) 27 февраля 1964 года. Свою карьеру он начал со съемок в драматическом сериале «Hamilton's Quest» в 1986 году, где получил главную роль, сыграв Сонни Гамильтона. Затем последовали съемки в телевизионном фильме «American Harvest» вместе с Джоном Андерсоном и Мэттом МакКойем.
Все это стало стартовой площадкой для более серьезной работы в голливудском кино. И первой такой работой была роль в фильме «Выпускной 2: Здравствуй, Мэри Лу» («Prom night 2: Hello Mary Lou»). Вскоре Джон снялся в фильме «Птичка на проводе» («Bird on a Wire») с Мелом Гибсоном и Голди Хоун в главных ролях. В 1991 году Джон Пайпер-Фергюсон появился в примитивной сексуальной комедии под названием «Лыжная школа» («Ski School»), а в 1992 году - в фильме «Оставайтесь с нами» («Stay Tuned») режиссера Питера Хаймса.
Актер также появился в эпизоде «F. Emasculata» сериала «Секретные материалы» 1995 года. В 1997 году Джон был номинирован на канадскую премию Gemini за съемки в эпизоде «Храбрость» сериала «Горец».
Джона можно увидеть в таких популярных сериалах, как «CSI: Место преступления Лас-Вегас» («CSI: Crime Scene Investigation»), «Скорая помощь» («ER»), «Арлисс» («Arli$$»), «Детектив Нэш Бриджес» («Nash Bridges»).
В 2006 году Джон Пайпер-Фергюсон подписал контракт на съемки в роли Джо Уэдона в сериале «Братья и Сестры» («Brothers & Sisters»), выходившем в прайм-тайм на канале ABC до мая 2011 года. Джон хорошо известен как актер, который сыграл персонажа Эли Холландера в сериале «Звездный путь: Следующее поколение» («Star Trek: The Next Generation»). Эта же актерская команда сериала в 2001 году появилась в блокбастере «Перл Харбор».
Среди последних работ Джона Пайпера-Фергюсона можно отметить роли в фильмах «Теккен», «Жребий», «Хоккейный мюзикл» («Score: A Hockey Musical») 2010 года.
