Сюжет сериала «Воин Пэк Тон Су» начинается с рассказа о наследном принце Садо, который оспаривает власть Но-Рона. В ответ Но-Рон вступает в сговор с династией Цин, чтобы подставить наследного принца Садо, как заговорщика восстания. Чтобы спасти сына наследного принца Садо, король Ёнджо и Но Рон договариваются убить ближайшего связного наследного принца Пэк Са Гёна и использовать его в качестве козла отпущения. Пэк Са Гён, его семья и даже его нерожденный ребенок должны быть убиты.
Перед самым обезглавливанием Пэк Са Гёна он обращается к своему ближайшему другу Ким Кван Тхэку, который считается лучшим фехтовальщиком, и просит его позаботиться о его жене и нерожденном сыне. С помощью фехтовальщика Ким Кван Тхэка беременной жене Пэк Са Гёна удается спастись. Тем временем солдаты ведут поиски жены связного и ее нерожденного сына.
В итоге жена Пэк Са Гёна рожает мальчика. Сразу после его рождения мать умирает. Мальчику дают имя Тон Су.
Солдаты прибывают, чтобы арестовать мать и ее сообщников. Мечник Ким Кван Тхэк и новорожденный ребенок попадают в плен. Младенца собираются бросить в кипящую воду, когда прибывает наследный принц Садо и показывает приказ короля, в котором говорится о помиловании мечника, но не младенца. Ким Кван Тхэк умоляет сохранить жизнь младенцу. Он предлагает отрубить ему одну руку, чтобы спасти ребенка, и его предложение принимается.
Даже после того, как Ким Кван Тхэк теряет руку, мужчины пытаются убить Тон Су. Герой решает бежать под покровительство династии Цин вместе с мальчиком. По дороге герой попадает в засаду, устроенную убийцами. Ким Кван Тхэк прячет ребенка Тон Су, после чего сражается с убийцами. Когда мужчина возвращается, сына уже нет. Вскоре Хван Чжин Ги находит младенца. Хван Чжин Ги замечает название дома, написанное на одежде ребенка, и возвращает его туда, где он родился. Хук Са Мо, друг отца Тон Су, воспитывает мальчика. К 12 годам здоровье Тон Су ухудшилось. Он не может бегать и даже поднимать руки. Его постоянно дразнят другие дети.
Тем временем, когда родился Ё Вун, его отец Ё Чо Сан пытался убить его, потому что видел судьбу своего сына убийцей многих людей. Мама Ё Вуна погибает, пытаясь защитить свое чадо. Спустя 12 лет Ё Чо Сан воспитывает Ё Уна, но без любви. Ё Вун в одиночку практикует бой на мечах. Однажды его выбирает Чун и берет на обучение в группе "Хокса Чоронг".
Отзывы